合成オリゴヌクレオチドは、プローブとして遺伝子のクローニングや特定遺伝子の検出に、プライマーとして、シークエンスや PCR に広く利用されている。オリゴヌクレオチドの分離精製法としては、ゲル電気泳動法、イオン交換クロマト法、ゲルろ過法、逆相クロマト法が利用されているが、クロマト法は操作性に優れ、特に脱塩操作が不要な逆相クロマト法は利用度が高いと考えられる。

このクロマト法も、目的とする精製純度により、カートリッジカラムを利用した簡易精製法と HPLC による高純度精製法に大別される。筆者らのグループでも、合成オリゴヌクレオチドの純度検定や分離精製に活用できる専用カラムとして Wakosil DNA カラムを開発した。本カラムは、100 mer 程度までの合成オリゴヌクレオチドの精製に利用でき、同一塩基のオリゴマーなら 50 mer 程度まで一塩基づつの認識が可能である。

図 1. に oligo dA mixture の分離例を示した。

また実施例として、合成 FITC-蛍光標識プライマー（22 mer：100 O.D260 units/mL）の分離精製と純度確認に応用した場合のクロマトグラムを図 2. に示した。

以上、Wakosil DNA カラムは、合成オリゴヌクレオチドの純度検定から分離精製までを 1 本の分析用カラムで短時間に達成でき、しかも 20 ～ 40 O.D / 回の精製が可能などの利点があり有用性が高いものと考えている。