実験の目的に合わせたRNA抽出方法と製品の選び方
RNA抽出の意義
細胞内では様々なRNA(Ribonucleic acid)が存在しています。
特に遺伝情報を保持しているメッセンジャーRNA（mRNA）や遺伝子発現を調節するマイクロRNA（miRNA）は遺伝子発現に関与しているため細胞の状態を調べる際に重要な解析対象となります。RNA抽出はRNA実験における最初のステップとなります。RNA実験を成功させるためには、純度の高いRNAを抽出しテンプレートとすることが重要となります。例えばqPCRによる遺伝子発現解析では、RNAテンプレート中に塩やタンパク質などの不純物や、DNAの混入があると逆転写反応を阻害するため、これらを除去する必要があります。
ニッポンジーンでは、各種試料に最適化し、高純度・高収量なRNA抽出ができる試薬・キットを取り揃えています。
実験に最適なRNA抽出試薬をお選びいただく際にぜひ参考にしてみてください。
RNA抽出方法
ニッポンジーンでは下記RNA抽出方法の製品を提供しております。
①AGPC (Acid Guanidium-Phenol-Chloroform)法
AGPC法は、変性剤であるフェノールやグアニジンイソチオシアネートを主成分としてRNA抽出を行う方法です。RNA実験で最も問題となり得るRNaseをはじめ、サンプル中のタンパク質を素早く変性させることができ、高品質なRNA抽出が可能です。AGPC法では、酸性条件下ではRNAが2'ヒドロキシ基の存在により、DNAよりも親水性が高くなる性質を応用しており、クロロホルム添加後に遠心することで、RNAを含む水相と、DNAやタンパク質を含む中間層・有機相(フェノール相)に液相分離されます。 ニッポンジーン『ISOGEN』シリーズは、国内初のAGPC法によるRNA抽出試薬であり、ロングセラー製品で多くのお客様にご使用いただいております。
ISOGENの原理
ISOGENシリーズ比較表
| 対象 | Total RNA (DNA) (タンパク質) |
Total RNA | Total RNA 低分子RNA (>200 base) 低分子RNA (<200 base) |
Total RNA |
|---|---|---|---|---|
| 製品名 | ISOGEN | ISOGEN-LS | ISOGEN II | ISOGEN with Spin Column |
| 外觀 |  |
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 |
| 対象試料 | 組織、細胞、細菌 等 | 全血、液体試料 | 組織、細胞 | 組織、細胞、植物 |
| クロロホルム | 必要 | 必要 | 不要 | 必要 |
| アルコール沈殿 | 必要 | 必要 | 必要 | 不要 (スピンカラム法) |
ニッポンジーン AGPC法製品
②スピンカラム法
AGPC法はRNAの精製純度が優れている一方で有機溶媒のフェノールが含まれており、またクロロホルムを使用するため取り扱いに注意が必要です。現在では、シリカメンブレンを用いたスピンカラムにより、有機溶媒を使用しないでRNAを抽出・精製する方法があります。
スピンカラムを用いたRNA抽出では、AGPC法では苦手とする多糖類などを効率良く除去することができる点や、RNAの回収に熟練を要するアルコール沈殿の工程が不要なため、再現性高くRNA抽出が可能という特長があります。
ニッポンジーン 『ISOSPIN』シリーズは自社開発のスピンカラムを採用しており、使いやすさを追求しています。また、DNaseⅠが付属*1しているため別途ご購入いただく必要がなく、コストパフォーマンスにも大変優れています。
*1 DNaseⅠを含まない製品もご用意しております。
ニッポンジーン開発のスピンカラム
③ 簡易抽出法 (粗抽出法)
AGPC法やカラム法によるRNAの抽出は工程数が多いため、試料数が数十を超える場合や、96ウェルプレート中の細胞からRNA抽出を行う場合には、多くの時間を要します。しかし、qPCRによる目的RNAの増幅の有無を確かめるなどの、特定のアプリケーションにおいては、これらの精製工程が不要な場合があります。
【RNAの精製が不要な場合があるアプリケーション例】
- 薬効スクリーニング
- 発現株の構築確認
- siRNAなどによるノックダウン効果の確認
ニッポンジーン『Template prepper for Cell RNA』は、DNAの分解にDNase IIを採用しています。DNase II は、酸性条件下のみで活性を示すため一般的に中性以上のpH条件下で行われる逆転写反応やPCR においては機能しません。そのため、熱処理やフェノール処理によるDNase の失活工程が不要で、抽出したRNA をそのままRT PCR 等の鋳型として利用することができます。
ニッポンジーン RNA簡易抽出製品
ニッポンジーン RNA抽出製品の簡易選択チャート (動物試料)
