タンパク質あるいはペプチドは、加熱や有機溶媒の添加などにより変性・失活しやすいため、試料の取り扱いは保存を含め注意が必要です。タンパク質の変性の原因としては物理的要因［加熱、凍結、高圧、紫外線、放射線、撹拌など］及び化学的要因［pH（酸やアルカリ）、有機溶媒、重金属塩、変性剤（尿素など）、界面活性剤、還元剤（2-メルカプトエタノール）など］があります。

保存に関してはタンパク質の種類によって冷凍あるいは冷蔵保存を選択します。溶液保存の場合、頻繁に凍結融解を繰り返すと変性、失活する可能性が高くなりますので、できれば用時調製が望ましいといえます。調製した試料溶液は分析中も容器ごと温度管理する事が望まれます。

またタンパク質によってはガラス容器の内壁に吸着したり、金属の影響で変性や失活したりする事があります。このような場合、試料の調製や保存にポリマー製容器を使用し、装置の接液部はメタルフリー化します（PEEKなどの樹脂製カラムや、樹脂製の配管、接液部が樹脂製のポンプなど）。その他、濃縮に限外ろ過膜を使用すると膜の素材によっては吸着されて回収率が低下します。吸着されにくい素材を使用したり、固相抽出用イオン交換カラムに捕集し溶出させたりします。

表1にタンパク質、ペプチドの分離モードと原理、特徴、タンパク質の吸着、溶出の方法を示します。分離モードはタンパク質の性質や量、精製の度合によって選択します。充てん剤によっては基材であるシリカゲルや合成高分子に目的とする相互作用以外の何らかの二次的相互作用があるため注意が必要です。場合によってはセルロースやデキストランのような軟質ゲルの方がよい分離を示す場合があります。

表1．タンパク質、ペプチドの分離モードと原理、特徴

図1～2に逆相クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー（ヒドロキシアパタイト）によるタンパク質、ペプチドの分析例を示します。いずれの場合も目的に応じ種々の方法を使い分けていくことが必要です。