アイソスピン ソイル DNA ISOSPIN Soil DNA

ISOSPIN Soil DNA

ISOSPIN Soil DNA（アイソスピン ソイル DNA）は、スピンカラムを用いて土壌からDNAを抽出・精製するためのキットです。
本キットでは、土壌に至適化した抽出液とビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、非火山灰土壌だけでなく黒ボク土（火山灰土壌）からも効率よくDNAを抽出することが可能です。 また、精製工程においては、独自開発したスピンカラムを採用しており、フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用することなく、迅速・簡便にDNAを精製することが可能です。

本製品のご使用には、別途 ビーズ式破砕装置（2 mLチューブ対応） が必要になります。

Lysis Solution BB SP1

キットのオプションSP1プロトコールに使用する別売品です。
黒ボク土の中でも特にアロフェン質が多い試料からDNAを抽出する場合には、キットに添付のLysis Solution BBの代わりにLysis Solution BB SP1を使用することで収量を向上させることができます。

【特　長】

• フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用しない
• 自社開発のスピンカラムにより、高い操作性を実現
• 操作時間約45分間～1時間で抽出・精製が可能
• ビーズビーティングで強固な細胞壁を有する微生物からもDNA抽出が可能
• RNase A の添加により、RNAの混入が少ないDNA溶液が得られる
• 土壌から純度の高いDNAが高収量で得られる

【用　途】

• 次世代シーケンサーNGSによる土壌菌叢解析

本製品は、東京大学 TLO が所有する特許のライセンスを受けて製造販売しています。

＊1：黒ボク土からのDNA 収量を上げる場合、Lysis Solution BB の代わりに別売のLysis Solution BB SP1［コードNo.313-06221］を使用する。
＊2：抽出したDNA をNGS 解析する場合、Lysis Solution 20S の添加量を10 μL にする（NGS 用プロトコール）。
＊3：別途ビーズ式破砕装置（2 mLチューブ対応）を使用。ボルテックスの代用は不可。

実験例1

オートクレーブ処理した土壌サンプル（①～⑤：非火山灰土壌、⑥⑦：黒ボク土）にNBRC（製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター） 菌体カクテル（Cell-Mock-001）を添加し、本製品（ISOSPIN Soil DNA）の各プロトコールと、他社品（A 社、B 社、C 社）の各社プロトコールでDNA を抽出した。それぞれの方法で抽出したDNA について、16S rRNA 遺伝子（V3V4 領域）をNGS 解析して比較した。

※ 「参照1」（V3V4領域解析結果、NBRC）と「参照2」（理論値、NBRC）は、菌体カクテル（Cell-Mock-001）に添付のデータシートに記載された割合です（参考値）。

※Lysis Solution BB SP1 [コードNo. 313-06221]は、特にアロフェン室の多い黒ボク土からのDNA収量を改善するためのオプションバッファー(別売)です。

【結果】

ISOSPIN Soil DNA（本製品）のNGS 用プロトコールで抽出したDNA の解析データは、NBRC が示す解析結果（グラフ参照 1）と近い結果が得られた。また、黒ボク土においても、Lysis Solution BB SP1（別売）を使用することで同様の結果が得られた。

NGSでの使用実績

• Qi, L. et al. : Microorganisms., 10, 1395 (2022)

実験例2

ISOSPIN Soil DNA 詳細マニュアル（第3版、P8）に、液体試料からのDNA抽出プロトコールを追加しました。

液体サンプルからのDNA抽出プロトコール

液体サンプルとして、製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）の菌体カクテル（Cell-Mock-001）10 µLに蒸留水（DW） 490 µLを添加し、本キットの「液体サンプルからのDNA抽出用プロトコール」と各抽出キットでDNAを抽出し、16S rRNA遺伝子（V3V4領域）をNGS解析して比較しました。

※ 参考値（NBRC）は、菌体カクテル（Cell-Mock-001）に添付のデータシートに記載された割合です（理論値）。

【結果】

ISOSPIN Soil DNAを用いて、液体試料からNGS解析に使用できるDNAを抽出することができました。