エクソソーム単離～プロテオーム解析パック
エクソソームにおける研究では、バイオマーカー探索などの１つの手法としてプロテオーム解析が用いられます。
当社ではエクソソーム単離からプロテオーム解析までを一貫して行う受託サービスをご提供しております。当社にてサンプルをお預かりしPSアフィニティ法によるエクソソームの単離、ナノサイト解析、BCAアッセイを行います。(ナノサイト解析とBCAアッセイの結果をクオリティチェックとします。) クオリティチェック後、メディカル・プロテオスコープにて非標識LC-MS/MSを用いてプロテオーム解析を行います。プロテオーム解析のみでも対応可能です。
エクソソームのプロテオーム解析に関する記事はこちら
こんなお客様におすすめ
- エクソソームに含まれるタンパク質を網羅的に解析したい方
- プロテオミクスの観点からバイオマーカー探索を行っている方
- 以前プロテオーム解析を行った経験があるが、希望するデータが得られなかった方
サービスの特長
高純度で単離したエクソソームでプロテオーム解析が可能！
エクソソームの純度が低いと夾雑物由来のタンパク質が多く同定されたりすることがあります。PSキットで単離したエクソソームは高純度が特長のため、エクソソーム由来タンパク質を同定しやすいです。
エクソソーム研究のノウハウ×プロテオーム解析の経験を活かしたサポート！
エクソソーム単離作業については当社の持つ知識、経験でサポートします。
エクソソームのプロテオーム解析では微量タンパク質を解析することから試料調整などの条件検討が重要です。プロテオーム解析実施元のメディカルプロテオスコープはプロテオーム解析に関してプロフェッショナルです。試料調整からデータ解析まで一貫してサポートします。
サービスの流れ
- ステップ②では結果について速報をご連絡致します。エクソソーム様粒子が確認できない、もしくは収量が乏しい場合は次のステップに進むかどうかご相談の上決定致します。
プロテオーム解析使用機器
LC： Ultimate 3000 RSLCnano (Thermo Fisher Scientific)
MS/MS： Q Exactive質量分析計 (Thermo Fisher Scientific)
データ解析ソフト： Proteome Discoverer (ver. 2.2) (Thermo Fisher Scientific)
価格/納期
サンプル数や測定数など条件によって変わります。ご相談ください。
納品物
試験報告書
報告書内容
- 各試験プロトコル
- ナノサイト解析データ (粒子数、粒子径データ)
- プロテオーム解析データ (ペプチドとタンパク質の各レベルでそれぞれ表計算ファイルにまとめます。主に以下の内容が含まれます)
－同定されたタンパク質の名称
－ペプチドのアミノ酸配列
－翻訳後修飾の種類と修飾アミノ酸残基
－各試料から得られたタンパク質計量値
－試料間のタンパク質計量比
その他、ご希望のデータなどございましたらご相談下さい。(同定されたタンパク質の局在が知りたいなど)
ご提供いただくサンプル条件
初期サンプル量(目安) ※初期サンプル量は検体によって変わります
- 細胞培養上清：20 mL以上(濃縮後、精製)
- 血清、血漿 (血漿についてはヘパリン処理)：2 mL
分析に必要なタンパク質混合物の量(目安)
- 試料間の計量比較の場合：30 μg以上
- タンパク質同定一覧の取得の場合：10 μg以上
- QCとしてBCAアッセイにより総タンパク質定量を行います。
精製後サンプルのQCで一定以下の値の場合はご相談の上、プロテオーム解析を行うか決定いたします。
解析データ例
プロテオーム解析の解析実施例
（単離方法での比較実験）
PS アフィニティー法、超遠心分離法、ポリマー沈殿法を用いて、K562 細胞培養上清（10% Exosome-depleted FBS 添加培地）からエクソソームを精製した。精製したサンプルを10% ポリアクリルアミド電気泳動で分離し、タンパク質バンド全体を切り出した。その後、ゲル内消化を行い、LC-MS でタンパク質を同定した。また、各手法で精製したエクソソーム (n=3)における同定タンパク質のpair-wise相関を比較した。
① 同定したタンパク質の含有量トップ10 比較
- エクソソームマーカータンパク質
- エクソソーム由来ヒトタンパク質
- ウシ血清由来ウシタンパク質
| PSアフィニティー法 | 超遠心分離法 | ポリマー沈殿法 | |
|---|---|---|---|
| 1 | Heat shock cognate 71 kDa protein | DNA-dependent protein kinase catalytic subunit |
Complement C3 |
| 2 | Annexin A6 | Transferrin receptor protein 1 | Alpha-2-macroglobulin |
| 3 | Transferrin receptor protein 1 | Serum albumin | Fibronectin |
| 4 | V-type proton ATPase catalytic subunit A | ATP-dependent RNA helicase A | Serum albumin |
| 5 | Flotillin-2 | Tubulin beta-5 chain | Thrombospondin-1 |
| 6 | Programmed cell death 6-interacting protein | Heat shock cognate 71 kDa protein | Complement C4 |
| 7 | 4F2 cell-surface antigen heavy chain | Fatty acid synthase | Alpha-1-antiproteinase |
| 8 | Annexin A1 | 4F2 cell-surface antigen heavy chain | Apolipoprotein B-100 |
| 9 | Kinase D-interacting substrate of 220 kDa | U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase | Hemoglobin fetal subunit beta |
| 10 | Annexin A2 | Tubulin beta-4B chain | Tubulin beta-5 chain |
② Pair-wise相関の比較
| 単離手法 | 再現性 |
|---|---|
| 超遠心分離法 | △ |
| ポリマー沈殿法 | 〇 |
| PSアフィニティー法 | 〇 |
Nakai, W., et al.: Sci. rep., 6(1), 1(2016).
③ MS解析により同定したヒト由来ペプチドの比較
結果としてPSアフィニティー法はFBS添加培地からも高純度なエクソソームを回収することができました。当社PSキットはプロテオーム解析と相性が良いため、エクソソーム単離試験から是非ご検討ください。
注意事項
本サービスは測定・解析結果をお返しするものであり、確実に有意な結果が出ることを保証するものではありません。
その他のご注意点についてはお打ち合わせ時や試験計画書にてあらかじめお伝えいたします。
お見積り・ご注文について
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