nanoLC-MS/MS タンパク質同定サービス

1. サンプル切り出し前の電気泳動写真をお送り下さい。
   解析可否をご連絡させていただきます。
2. サンプルを4 ℃にてお送りいただきますと約2週間で解析いたします。
3. ゲル断片を脱色、システイン残基の還元処理及びアルキル化などを行ったうえで、トリプシンによりゲル内消化を行います。消化されたペプチド断片を抽出し、脱塩処理の後、nanoLC-MS/MSで質量を測定いたします。
4. Mascot search (MS/MS Ion Search) によりタンパク質を同定します。
5. 解析結果をメールにて送付いたします。

解析サンプル

SDS-PAGE等により得られたゲル断片(生物種は問いません)
電気泳動後のゲル(泳動済みゲルからのターゲットバンドの切り出しご依頼時)
電気泳動用サンプル(ゲル電気泳動～ターゲットバンドの切り出しご依頼時)

解析サンプルに関する情報

• ゲル断片個数
• サンプル由来(生物種)
• 目的タンパク質分子量
• 染色方法および脱色有無
  (MS用の染色キットをご使用ください。また、染色後脱色の有無もご記載ください)
• 架橋剤使用の有無
  (使用の場合は具体的なメーカーとその種類をお教えください)
• 界面活性剤の使用の有無
  (使用の場合は種類とその終濃度をお教えください)
• 膜由来(細胞膜、核膜等)であるか否か
• SDS-PAGE染色画像
  (切り出す前の画像ファイルに解析対象のバンドをご図示ください)

• Mascot Search Results(pdf)
• 同定されたタンパク質に関する付加情報資料(UniProtKB などによる)資料(pdf)
• 上記データをまとめた資料(Excel)

※QSTAR XL analistQS の生ファイル (AB Sciex社 Analyst QS用wiff形式ファイル)をご希望の場合、予めご相談ください(CD-Rにてご送付いたします)。
※生物種に関するご希望があれば、お申し付け下さい。
※お手持ちのデータベースによるMascot検索をご希望の場合は、データをご提供下さい。　

アカデミア限定価格(大学・公的研究機関対象)

サービス名	検体数	希望納入価格
nanoLC-MS/MSタンパク質同定サービス	1～5検体	40,000円/検体
	6検体～	30,000円/検体

一般価格

サービス名	検体数	希望納入価格
nanoLC-MS/MSタンパク質同定サービス	1検体のみ	60,000円
	2～5検体	50,000円/検体
	6～10検体	40,000円/検体
	11検体～	30,000円/検体

ケラチンのコンタミなどで同定不可の場合、同一検体に限り再解析が可能です。
　 ※別途費用が発生いたします(30,000円/検体)
　 再解析検体の複数提出の場合は同時提出をお願いいたします。

納期

　 サンプル受け取り後約2週間

※解析が混み合っている場合や、サンプルの解析難易度等によって、標準日程から多少遅れることがございます。予めご了承ください。
　お急ぎの場合は、可能な限り対応いたしますので、予めご連絡ください。

• 

• サービス名	希望納入価格
  免疫沈降サンプルのスメア状 タンパク質の同定	60,000円/分画

  ※手数料は1検体のみご依頼の場合に発生致します。
  ※1分画＝縦横1cmのゲルサイズになります。(複数バンドの場合、合計サイズ1cmで1分画となります)

免疫沈降後のスメア状ゲルから分子量別の分画を作り、それぞれの主要なタンパク質を同定することが可能です。
coreは同定したタンパク質の確からしさを表し、Score＞30はタンパク質の1個以上のペプチドのアミノ酸配列がデータベースと一致した場合で有意な同定を示します。
※細胞内タンパク質の網羅的解析ではなく、精製した複数タンパク質の一括同定となります。それぞれのタンパク質が十分に含まれている必要がございます。
㈱プロテオミクスでは免疫沈降後のサンプルでの電気泳動後の主要タンパク質の多数同定実績(1レーンから100以上のタンパク質同定実績)がございます。
※低濃度のタンパク質がターゲットの場合、1バンド毎の解析をおすすめいたします。

オプション

サービス名	検体数	希望納入価格
泳動済みゲルからのターゲットバンドの切り出し	1ゲル	30,000円
泳動済みゲルをお送りいただければターゲットバンドの切り出し作業を行います(複数バンド可 )。
ゲル電気泳動～ターゲットバンドの切り出し	1ゲル(～12検体)	80,000円
泳動予定のサンプルをお送りいただければ、電気泳動、ターゲットバンドの切り出しを行います。 泳動作業完了後、ゲル写真をお送りいたしますので、解析へ進めるターゲットバンドをご選択ください。 ゲル電気泳動で作業を終了する場合、作業費用50,000 円 検体をご請求させていただきます。

※手数料は1検体のみご依頼の場合に発生致します。

再解析・追加解析

サービス名	検体数	希望納入価格
再解析(同一検体の再提出 )	1検体	30,000円
追加解析(解析済み検体の別データベースので解析)	1検体	10,000円

実験サポート体制

免疫沈降実験

免疫沈降可能な抗体の選び⽅、細胞エキストラクトの調整⽅法、核・ミトコンドリアエキストラクトの調整⽅法、免疫沈降の作業内容のご相談・作業実施

組換えタンパク質を⽤いたin vitro screening

組換えタンパク質の精製とそれを⽤いたin vitro screening等の⽣化学実験のご相談・作業実施

その他の必須の技術

電気泳動、免疫沈降物のnano LC-MS/MS質量分析による同定、ウエスタンブロッティング、ファーウエスタンブロッティングによる相互作⽤の検定のご相談・作業実施

作業内容	検体数	希望納入価格
細胞抽出液の準備と免疫沈降	１検体	80,000円/検体
	2検体目～	40,000円/検体
電気泳動・銀染色	１式	50,000円/式

納期：実験の種類にもよりますが、サンプル受領後、２ヶ月以内に解析結果をご報告しております。

サンプルの必要量

100 fmol 以上

銀染色の場合は、定量性がない為、正確な量を判断するのは困難ですが、SDS-PAGEの際、コントロールとしてBSA (100 fmol)を同じゲルにロードしていただくか、あるいは分子量マーカーのロード量を適宜調節していただき、それをおよその目安としてサンプル量を見積もってください。

ケラチン(コンタミ)の排除

サンプルにケラチンの混入を極力避けることが必要です。nanoLC-MS/MSの感度は大変高く、ケラチンの混入量によって、解析結果が大きく左右されます。通常の実験では問題のないことが、 MSの測定では大きな問題になることがあります。

1. SDS-PAGE用ゲル
   基本的には、市販のゲル使用をおすすめします。自製されるときは、ストックのアクリルアミド溶液を使わずに、すべて新たに調製してください。
2. SDS-PAGE用サンプルバッファー
   必ず新しく調製したサンプルバッファーをご使用ください。

染色　(脱色は不要です)

CBB染色の場合は、新たに調製した染色液で染色してください。

銀染色の場合、染色感度を上げるために使われる架橋剤(グルタルアルデヒドなど)を使用しないで染色する必要があります。 MS用の銀染色キットが市販されていますので、そのキットを使うことをおすすめします。 脱色は日本プロテオミクスにて行いますので、切り出したバンドを脱色せずそのままお送りください。

架橋剤の使用

架橋剤の使用は、解析のためのサンプル消化に重大な影響があり、解析が困難となることがあります。 送付いただくサンプルの前処理段階においても、架橋剤はご使用にならないでください。 すでに架橋剤を使用された場合は、サンプル送付前に、どのような架橋剤をどの段階で使用されたか、必ずご連絡いただけますよう お願いいたします。

ゲル断片の取り扱い

ゲルを切出す際には、できる限り余分なゲルが含まれないように スライスしてください。ゲル量が多すぎると、酵素消化の効率が下がり、ゲルに由来する夾雑成分などの影響により解析が難しくなります。

バンドが薄い場合、同じバンドを複数集めることでサンプル量は確保できますが、上記の理由から解析が難しくなります。可能な限りアプライ量を増やす、あるいは濃縮により、ゲル断片当たりのサンプル量を増やしていただくことで良い結果が生まれます。

切り出したゲルは、断片ごとに0.5 mLまたは1.5 mLチューブに入れてください。(マイクロプレートをご使用の際も、必ずチューブに移してお送りくださいますようお願いします。)

解析サンプルについて

1. サンプル必要量は100 fmol以上のゲル断片となります。SDS-PAGEの際、コントロールとしてBSA(100 fmol)を、同じゲルの別レーンにロードしていただくようお願い致します。BSAをお使いにならない場合は、分子量マーカーで100 fmol以上のバンドとなるよう調製して下さい。
2. サンプルの脱色は不要です。脱色は日本プロテオミクスにて行いますので、切り出したバンドを脱色せずそのままお送り下さい。
3. 銀染色キットはMS解析用グレード(例： 富士フイルム和光純薬 銀染色MSキット、299-58901)をご使用下さい。

解析結果と再解析について

目的のタンパク質量が足らない、もしくはコンタミが多いなどの理由で解析不可であった場合は、サンプルを再調整していただけたら、一度のみ再解析いたします。サンプルの再調整が不可能な場合は原則として正規料金を請求させていただきます。