プロテオーム: タンパク質同定

nanoLC-MS/MS タンパク質同定サービス

株式会社日本プロテオミクス

SDS-PAGE等により得られたゲル断片からタンパク質を同定するサービスです。高精度のタンパク質同定をお求めやすい価格でご提供いたします。

新サービス開始!

株式会社日本プロテオミクスにて作業を代行することで、ケラチンの混入を可能な限り抑えます。

①泳動済みゲルからのターゲットバンドの切り出し

希望納入価格:30,000円/ゲル
  泳動済みゲルをお送りいただければターゲットバンドの切り出し作業を行います(複数バンド可 )。

②ゲル電気泳動~ターゲットバンドの切り出し

希望納入価格:130,000円/ゲル
  泳動予定のサンプルをお送りいただければ、電気泳動、ターゲットバンドの切り出しを行います。
  泳動作業完了後、ゲル写真をお送りいたしますので、解析へ進めるターゲットバンドをご選択ください。
  ゲル電気泳動で作業を終了する場合、作業費用100,000 円 検体をご請求させていただきます。

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サービスの特長

nanoLCを使った MS/MSでは分解能が高く解析速度の早いカラムを使用して超微量のペプチドまで同定できます。BSAを使った解析では銀染色で微かに見える38フェムトモルのバンドも同定いたしました。

SDS-PAGEのゲル断片をお送りいただきますと、ゲル内消化後、nanoLC-MS/MS装置を用いて解析を行い、MascotSearch によるタンパク質同定を行います。最高精度のタンパク質同定をご利用ください。

解析までの流れ

  1. サンプル切り出し前の電気泳動写真をお送り下さい。
    解析可否をご連絡させていただきます。
  2. サンプルを4 ℃にてお送りいただきますと約2週間で解析いたします。
  3. ゲル断片を脱色、システイン残基の還元処理及びアルキル化などを行ったうえで、トリプシンによりゲル内消化を行います。消化されたペプチド断片を抽出し、脱塩処理の後、nanoLC-MS/MSで質量を測定いたします。
  4. Mascot search (MS/MS Ion Search) によりタンパク質を同定します。
  5. 解析結果をメールにて送付いたします。

ご提供いただくもの

解析サンプル

SDS-PAGE等により得られたゲル断片
(生物種は問いません)

解析サンプルに関する情報

  • ゲル断片個数
  • サンプル由来(生物種)
  • 目的タンパク質分子量
  • 染色方法および脱色有無
    (MS用の染色キットをご使用ください。また、染色後脱色の有無もご記載ください)
  • 架橋剤使用の有無
    (使用の場合は具体的なメーカーとその種類をお教えください)
  • 界面活性剤の使用の有無
    (使用の場合は種類とその終濃度をお教えください)
  • 膜由来(細胞膜、核膜等)であるか否か
  • SDS-PAGE染色画像
    (切り出す前の画像ファイルに解析対象のバンドをご図示ください)

解析結果報告

解析結果はNCBlnrのデータベースにてMascot Search Results(pdf)、同定されたタンパク質に関する付加情報資料(UniProtKB などによる)資料(pdf)、およびそれらのデータをExcel形式のレポートにまとめたものをメールでご報告いたします。

必要な場合はQSTAR XL analistQS の生ファイル (AB Sciex社 Analyst QS用wiff形式ファイル)をCDの形でお届けいたします。生物種に関するご希望があれば、お申し付け下さい。お手持ちのデータベースによるMascot検索をご希望の場合は、データをご提供下さい。

価格/納期

基本料金
  希望納入価格:10,000円/1注文当たり

1~10検体
  希望納入価格:40,000円/検体

11検体目~
  希望納入価格:30,000円/検体

(例)5検体ご依頼の場合:40,000円 x 5 + 10,000円(基本料金)=210,000円

ケラチンのコンタミなどで同定不可の場合、同一検体に限り再解析が可能です。
  ※別途費用が発生いたします(20,000円/検体)
  再解析検体の複数提出の場合は同時提出をお願いいたします。

納期
  サンプル受け取り後約1~2週間

※解析が混み合っている場合や、サンプルの解析難易度等によって、標準日程から多少遅れることがございます。予めご了承ください。
 お急ぎの場合は、可能な限り対応いたしますので、予めご連絡ください。

サンプル送付に関して

サンプルの必要量

100 fmol 以上

銀染色の場合は、定量性がない為、正確な量を判断するのは困難ですが、SDS-PAGEの際、コントロールとしてBSA (100 fmol)を同じゲルにロードしていただくか、あるいは分子量マーカーのロード量を適宜調節していただき、それをおよその目安としてサンプル量を見積もってください。

ケラチン(コンタミ)の排除

サンプルにケラチンの混入を極力避けることが必要です。nanoLC-MS/MSの感度は大変高く、ケラチンの混入量によって、解析結果が大きく左右されます。通常の実験では問題のないことが、 MSの測定では大きな問題になることがあります。

  1. SDS-PAGE用ゲル
    基本的には、市販のゲル使用をおすすめします。自製されるときは、ストックのアクリルアミド溶液を使わずに、すべて新たに調製してください。
  2. SDS-PAGE用サンプルバッファー
    必ず新しく調製したサンプルバッファーをご使用ください。

染色 (脱色は不要です)

CBB染色の場合は、新たに調製した染色液で染色してください。

銀染色の場合、染色感度を上げるために使われる架橋剤(グルタルアルデヒドなど)を使用しないで染色する必要があります。 MS用の銀染色キットが市販されていますので、そのキットを使うことをおすすめします。 脱色は日本プロテオミクスにて行いますので、切り出したバンドを脱色せずそのままお送りください。

架橋剤の使用

架橋剤の使用は、解析のためのサンプル消化に重大な影響があり、解析が困難となることがあります。 送付いただくサンプルの前処理段階においても、架橋剤はご使用にならないでください。 すでに架橋剤を使用された場合は、サンプル送付前に、どのような架橋剤をどの段階で使用されたか、必ずご連絡いただけますよう お願いいたします。

ゲル断片の取り扱い

ゲルを切出す際には、できる限り余分なゲルが含まれないように スライスしてください。ゲル量が多すぎると、酵素消化の効率が下がり、ゲルに由来する夾雑成分などの影響により解析が難しくなります。

バンドが薄い場合、同じバンドを複数集めることでサンプル量は確保できますが、上記の理由から解析が難しくなります。可能な限りアプライ量を増やす、あるいは濃縮により、ゲル断片当たりのサンプル量を増やしていただくことで良い結果が生まれます。

切り出したゲルは、断片ごとに0.5 mLまたは1.5 mLチューブに入れてください。(マイクロプレートをご使用の際も、必ずチューブに移してお送りくださいますようお願いします。)

注意事項

解析サンプルについて

  1. サンプル必要量は100 fmol以上のゲル断片となります。SDS-PAGEの際、コントロールとしてBSA(100 fmol)を、同じゲルの別レーンにロードしていただくようお願い致します。BSAをお使いにならない場合は、分子量マーカーで100 fmol以上のバンドとなるよう調製して下さい。
  2. サンプルの脱色は不要です。脱色は日本プロテオミクスにて行いますので、切り出したバンドを脱色せずそのままお送り下さい。
  3. 銀染色キットはMS解析用グレード(例: 富士フイルム和光純薬 銀染色MSキット、299-58901)をご使用下さい。

解析結果と再解析について

目的のタンパク質量が足らない、もしくはコンタミが多いなどの理由で解析不可であった場合は、サンプルを再調整していただけたら、一度のみ再解析いたします。サンプルの再調整が不可能な場合は原則として正規料金を請求させていただきます。

お見積り・ご注文について

ご依頼方法

下記より専用申込書をダウンロードの上、サンプル切り出し前の電気泳動写真を添えて、下記のお見積り・ご注文フォームよりご連絡ください。

※ゲルを送付する前に必ず写真をお送り下さい。
当社より折り返し解析可否をご連絡させていただきますので、その後サンプルをお送りいただきますようお願い致します。

サンプル送付先

クール便、着払いにて以下宛先までお送り下さい。※平日着荷
お送りいただく際、メールにて宅配業者および荷物番号をお知らせください。

〒989-3204
宮城県仙台市青葉区南吉成6丁目6-3
株式会社日本プロテオミクス 質量分析研究所
TEL:080-4519-7808

依頼書

よくある質問

解析サンプルについて

指定の染色方法はありますか

特にありませんが、MS用の染色キットを推奨いたします。銀染色、CBB染色、ルビー オリオール等の蛍光などでも解析実績があります。

注意:CBB染色の場合、新たに調製した染色液で染色をしてください。MS用の銀染色でない場合は、架橋剤(グルタルアルデヒドなど)を使用しないで下さい。

使用キット例:富士フイルム和光純薬 銀染色MSキット、299-58901

ゲルの脱色は必要ですか
必要ありません。切り出した断片は脱色せず、そのままお送りください。
ゲルはどのように送ればいいですか
切り出したゲル断片を断片ごとに0.5 mLまたは1.5 mLチューブに入れ、(マイクロプレートをご使用の際も、必ずチューブに移してください)クール便、着払いでお送り下さい。
ゲル断片を切り出す際に気をつけることは何ですか
できる限り余分なゲルが含まれないようスライスしてください。ゲル量が多すぎると、酵素消化の効率の低下や、ゲルに由来する夾雑成分などの影響により解析が難しくなります。また、ケラチンコンタミには十分ご注意ください。
二次元電気泳動のゲル断片の解析は可能でしょうか
解析可能です。
バンドの視認が難しいのですが、解析できますか
可能な限りアプライ量を増やす、もしくは濃縮により、ゲル断片あたりのサンプル量を増やしていただくと、解析できる確率が高くなります。同じバンドを複数集めて解析を行なってもサンプル量は確保できますが、酵素消化の効率低下、ゲル由来の夾雑成分などの影響により解析が難しくなります場合がございます。
サンプルを送付するまで時間が空いてしまうのですが、ゲルはどのように保存すればよいですか
ゲル保存用のバッグに入れ、冷蔵(4℃)状態であれば保存が可能です。ただし長期間の場合、タンパクの分解が起こる、もしくは何らかの影響が出てくる恐れがありますので、ご注意ください。
特殊な生物種や指定のライブラリーを元に解析してもらうことは可能ですか
可能です。ご依頼の際に、その旨をお伝えください。
タンパクの修飾を考慮して解析することは可能でしょうか
可能です。事前にどのような修飾があるかをご指示いただければ、データベース検索を行なう際に、ご指定の修飾を考慮して解析いたします。
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