生体試料: 生体試料について

NGS解析による変異情報等付属FFPEスライド、FFPE薄片 (Curl)

BioChainでは、CancerSeq Plusとして、67種のがん遺伝子の変異情報、コピー数、SNP、インサーション、デリーションの情報が付属したFFPEスライド、FFPE薄片 (Curl)、FFPEブロックを提供しております。

FFPE組織から抽出したDNAを用いてNGS解析を実施して、67がん関連遺伝子について解析しております。

特長

Tissue Type	Sample #	Strong Evidence for CNV	Copy Number	SD	P-Value
lung	1	CCNE1	4.13	0.62	4.16E-04
lung	1	EGFR	4.83	0.99	4.16E-04
lung	2	CCND1	3.08	0.11	8.31E-03
lung	3	EGFR	7.50	1.26	2.55E-04
		ERBB2	6.45	0.61	2.55E-04
		GNAS	4.59	1.17	2.03E-03

symbol	type	chromosome	position	reference	mutation	quality score	allele type	Depth at this position	transcript_id	existing variation
ABL1	snp	chr9	133748476	G	A	783.158	hom	42	NM_007313.2
AKT1	snp	chr14	105241644	G	A	292.421	het	21	NM_001014431.1
AKT1	snp	chr14	105246686	G	A	899.621	hom	37	NM_001014431.1	rs2494738
ALK	snp	chr2	29432625	C	A	14483.1	het	736	NM_004304.4	rs3738868
ALK	snp	chr2	29432776	T	C	13503.5	het	672	NM_004304.4	rs3738867
ALK	snp	chr2	29443749	G	T	5914.36	het	333	NM_004304.4	rs80152976
APC	snp	chr5	112175770	G	A	1651.99	hom	71	XM_005271975.1	rs41115&COSM19714
APC	snp	chr5	112176559	T	G	545.181	hom	19	XM_005271975.1	rs866006
APC	snp	chr5	112177171	G	A	5117.4	hom	177	XM_005271975.1	rs465899
ATM	del	chr11	108117897	ATTTTTTTTTTA	ATTTTTTTTTA	68.9061	het	80	NM_000051.3
ATM	snp	chr11	108205805	C	G	2387.06	het	101	NM_000051.3
ATM	snp	chr11	108225661	A	G	261.685	het	29	NM_000051.3	rs664143
CCND1	complex	chr11	69465243	ACTCCACCCGAGG	CCTCGGGTGGAGT	759.421	het	47	NM_053056.2
CCND1	complex	chr11	69471196	TCCC	TCG	49.4391	het	83	NM_053056.2

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