生体試料: 生体試料について

NGS解析による変異情報等付属FFPEスライド、FFPE薄片 (Curl)

BioChain

BioChainでは、CancerSeq Plusとして、67種のがん遺伝子の変異情報、コピー数、SNP、インサーション、デリーションの情報が付属したFFPEスライド、FFPE薄片 (Curl)、FFPEブロックを提供しております。

FFPE組織から抽出したDNAを用いてNGS解析を実施して、67がん関連遺伝子について解析しております。

特長

  • NGSを用いたシーケンススクリーニング済のFFPE組織
  • CNV (copy number variations)、SNP、インサーション、デリーションのデータが利用可能
  • 67種のがん遺伝子パネルの解析結果を提供
  • 病歴も確認可能
  • FFPEスライド、薄片 (Curl) で提供可能

使用例

  • がんマーカー変異についての解析
  • ジェノタイピングのコントロール
  • コンパニオン診断薬の開発
  • DNA、RNAの単離

67がん遺伝子一覧とCNV (Copy Number Varidation)

  • 67がん遺伝子一覧
  • Copy Number Varidation

CNV (Copy Number Varidation) のデータ例

Tissue Type Sample # Strong Evidence for CNV Copy Number SD P-Value
lung 1 CCNE1 4.13 0.62 4.16E-04
EGFR 4.83 0.99 4.16E-04
lung 2 CCND1 3.08 0.11 8.31E-03
lung 3 EGFR 7.50 1.26 2.55E-04
ERBB2 6.45 0.61 2.55E-04
GNAS 4.59 1.17 2.03E-03

SNP、インサーション、デリーションのデータ例

symbol type chromosome position reference mutation quality
score
allele type Depth
at this
position
transcript_id existing
variation
ABL1 snp chr9 133748476 G A 783.158 hom 42 NM_007313.2
AKT1 snp chr14 105241644 G A 292.421 het 21 NM_001014431.1
AKT1 snp chr14 105246686 G A 899.621 hom 37 NM_001014431.1 rs2494738
ALK snp chr2 29432625 C A 14483.1 het 736 NM_004304.4 rs3738868
ALK snp chr2 29432776 T C 13503.5 het 672 NM_004304.4 rs3738867
ALK snp chr2 29443749 G T 5914.36 het 333 NM_004304.4 rs80152976
APC snp chr5 112175770 G A 1651.99 hom 71 XM_005271975.1 rs41115&COSM19714
APC snp chr5 112176559 T G 545.181 hom 19 XM_005271975.1 rs866006
APC snp chr5 112177171 G A 5117.4 hom 177 XM_005271975.1 rs465899
ATM del chr11 108117897 ATTTTTTTTTTA ATTTTTTTTTA 68.9061 het 80 NM_000051.3
ATM snp chr11 108205805 C G 2387.06 het 101 NM_000051.3
ATM snp chr11 108225661 A G 261.685 het 29 NM_000051.3 rs664143
CCND1 complex chr11 69465243 ACTCCACCCGAGG CCTCGGGTGGAGT 759.421 het 47 NM_053056.2
CCND1 complex chr11 69471196 TCCC TCG 49.4391 het 83 NM_053056.2

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