切り出し・脱保護試薬 (合成後)

固相合成法によって合成したオリゴヌクレオチドは、固相担体に結合された状態にあるため、合成後にアンモニア水やアルキルアミンのような塩基試薬で処理することで固相担体からの切り出しを行います。また、カップリング反応に関与させたくない反応性の置換基 (アミノ基や水酸基) は保護基を導入しているため、これらの保護基を脱保護することで合成が完了します。

一般的に、塩基部位のアミノ基はアシル基、糖部 5' 位の水酸基は DMTr 基 (ジメトキシトリチル基) 、りん酸の水酸基はシアノエチル基で保護されます。糖部 5' 位の DMTr 基は酸で、それ以外の保護基はオリゴ合成後、塩基性条件で除去します。また、RNA 合成の場合、糖部 2' 位の水酸基を保護する必要があり、この保護基には tert- ブチルジメチルシリル基 (TBDMS 基) などが用いられます。この脱保護には、TBAF 溶液のようなフッ化物イオンが使用されます。