カスケード クリスパーRNA複合体, EGFP
Cascade-crRNA complex, EGFP
- 製造元 :
- (株)ニッポンジーン
- 保存条件 :
- -80℃ (ドライアイス輸送)
- 構造式
- ラベル
- 荷姿
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比較
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製品コード
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容量
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価格
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在庫
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250μg
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ドキュメント
- スペクトルデータ
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- 検査成績書
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- 校正証明書
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製品概要
本製品は、CRISPR-Cas3ゲノム編集用のCascadeタンパク質とCRISPR RNA (crRNA)の複合体で、複数の核移行シグナル(NLS)が付与されています。crRNAはEGFP遺伝子(Mammalian codon-optimized)を標的としています（標的配列情報は製品説明書PDFをご参照ください）。Cas3 protein NLSと組み合わせると、標的配列を含むDNAを切断することができます。
本製品は特定の実験系において、GFP遺伝子に対してゲノム編集効果が確認されています。CRISPR-Cas3システムの実験系を新しく立ち上げる際の予備実験に使用することができます。
また、既存製品の「Cascade-crRNA complex, hB2M」（製品コード312-09471）は、ヒト細胞に恒常的に発現しているhB2M遺伝子を標的としております。一方、本製品は、レポーター遺伝子として汎用的に使用されているEGFP遺伝子(Mammalian codon-optimized) を標的としておりますので、様々な生物種での実験系で広く使用できる可能性があります。
特長
- CRISPR-Cas3システムの実験系立ち上げの際の予備実験に使用可能
- EGFP遺伝子を標的としたCascade-crRNA複合体
- 本製品とCas3 protein NLSを組み合わせることで標的配列を含むDNAを切断することが可能
- 核移行シグナル（NLS）を付与
| 起源 | 遺伝子組換え大腸菌 | EGFP 遺伝子情報 | |
|---|---|---|---|
| 濃度 | 25 µg/µL Cascade-crRNA complex, EGFP | 由来 | Aequorea victoria |
| 形状 | 20 mM HEPES-NaOH (pH 7.0), 350 mM NaCl | 遺伝子名 | Enhanced green fluorescent protein (EGFP) |
| 保存温度 | - 80℃ | 標的配列情報 | |
| 分子量 | 396,819 (アミノ酸配列より算出) | 配列 | 5’- ATC CGC CAC AAC ATC GAG GAC GGC AGC GTG CA - 3’ |
使用例
＜活用例＞
- EGFP遺伝子の下流にReverse Primerを設計、EGFP遺伝子の上流から3 kbから5 kbほど離してForward Primerを設計
- EGFP発現細胞へRNP（Cas3 - Cascade-crRNA複合体） を導入し、培養後、ゲノムDNAを抽出
- PCRを実施し、PCR増幅産物をアガロースゲル電気泳動
大規模欠損のイメージ
CRISPR-Cas3は、ガイドRNAにあたるcrRNAと5種類のタンパク質から構成されるCascade（カスケード）が複合体を形成し、標的DNA配列を認識して結合します。 そこにCas3タンパク質が結合することでDNAを切断します。
CRISPR-Cas3ではCas3タンパク質が標的配列の上流側を連続的に分解することで標的配列を大きく削ることができる性質を持ちます。
PAM配列から上流の150塩基は削れませんが、そこから1000塩基ほど削れることが多いため、Forward Primerは3～5 kbほど離して設計することがポイントとなります。
使用例1 細胞でのゲノム編集評価 （データ提供：C4U株式会社）
Cas3-Cascade-crRNA複合体を導入した試験区では平均しておよそ20％程度の細胞でEGFP遺伝子の欠損が見られた。
EGFP遺伝子発現細胞へCas3 protein NLS（製品コード311-09441）及びCascade-crRNA complex, EGFP（製品コード312-09611） を導入し、培養3日後に細胞からゲノムDNAを抽出し、デジタルPCRで遺伝子の発現している割合を測定した。
＜実験方法＞
- RNP（Cas3 - Cascade-crRNA複合体） 各種を調製
- 細胞懸濁液を用意（0.3 x 106 cells/well）
- エレクトロポレーション（下記：実験条件）
- エレクトロポレーション後、3 日目に細胞からゲノムDNAを抽出
- デジタルPCRで遺伝子の発現している割合を測定
＜実験条件＞
【エレクトロポレーター】 4D-Nucleofector® (Lonza社)
【Pulse Code】DG150
【細胞】HEK293T-reporter (mCherry-GFP)
【細胞数】0.3 x 106 cells/well
【RNP】100 pmol each/well (12 well plate)
使用例2 in vitro での基質DNAの切断確認
Cas3 protein NLS（Code No.311-09441）及びCascade-crRNA complex, EGFP（Code No.312-09611） を用いて、PAMと標的配列を含むPlasmid DNAの切断確認を行った。
結果
1倍、4倍、16倍希釈Cascade-crRNA複合体を添加したin vitro実験で、PAMと標的配列を含むPlasmid DNAの切断が見られた。
製造元情報
別名一覧
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- 掲載されている製品について
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- 試験研究用以外にご使用された場合、いかなる保証も致しかねます。試験研究用以外の用途や原料にご使用希望の場合、弊社営業部門にお問合せください。
- 【医薬品原料】
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