cBioinformaticsのRNA-seq受託解析サービス

• 経験豊かな臨床医 兼 Bioinformatician が、臨床の観点から解釈を添えた解析を行える数少ないゲノム解析会社です。
• 当社は、急速に進化するゲノム医療の最先端技術を取り込み、独自の解析ソフトウェアを開発しております。臨床医自身の視点をプログラムに落とし込むことで、他社とは一線を画した解析を提供しております。
• がん研究で国内で最先端の研究機関の研究サポートを行ってきた経験を生かして、研究サポート・コンサルティング等、臨床・研究のサポート・サービスを提供します。
• 大学病院・がんの研究機関と密接に連携しており、これらの特徴を生かしたサービスを提供します。

解析内容　RNA-seq Basic planでは、FASTQ fileからカウントデータの取得、クラスター解析、変動遺伝子取得、ヒートマップの作成、エンリッチメント解析に加え、転写因子の推定を素早く解析させていただきます。

■ 結果はリンク付きのレポートで、見易くファイルを検索する手間がありません。
■ さらに深い解析や個別のadvancedな解析(免疫特化など)もご案内可能です。

1. 発現変動遺伝子の検出

コントロールサンプルと比べた遺伝子発現量を統計的に検定し、発現上昇遺伝子および発現低下遺伝子の検出を行います。

2. エンリッチメント解析(GO, Pathway)

コントロール群に対して比較群にて発現上昇している（もしくは発現低下している）遺伝子群がどのような生物学的機能に集中しているかを統計学的に検定します。

3. 転写因子予測解析（ヒト, マウス, ショウジョウバエのみ）

発現変動遺伝子群に共通して見られる転写因子結合モチーフの探索を行い、マスター遺伝子の推定を行います。

ご相談・見積依頼は、jutaku@fujifilm.com までご連絡をお願いいたします。

●Splicing Variantの検出

遺伝子のアイソフォーム毎の発現量を評価し、転写産物の選択的スプライシングの検出を行います。

Nat Rev Genet. 2011 Feb; 12(2): 87–98.

●Fusion遺伝子の検出

異なる遺伝子にまたがるjunction readを検出し、融合遺伝子の発現解析を行います。

Array suite wiki, Fusion gene detection in RNAseq
http://www.arrayserver.com/wiki/index.php?title=Fusion_gene_detection_in_RNA-Seq

●時系列発現変動解析

経時的に得たRANseqの発現データから、時間依存的に発現が変動している遺伝子の検出を行います。ストレスに対する応答プロセスなどの評価を行います。

●Pathway解析

発現変動遺伝子群によってエンリッチメントされたpathwayの同定および可視化を行います。興味あるpathwayの発現状況の可視化を行うことも可能です。

●miRNA解析

コントロールサンプルと比べた遺伝子発現量を統計的に検定し、発現上昇遺伝子および発現低下遺伝子の検出を行います。miRNAもmRNAと同様に発現変動遺伝子を検出。ターゲットとなるRNAを予測、miRNAにより制御されているmRNAの同定を行います。