シークエンス: 次世代シーケンス

GENEWIZの次世代シーケンス受託サービス

GENEWIZ
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グローバルを生かした最新鋭の機器と信頼の技術、Ph.D.レベルのスタッフによる安心サポートにより、お客様の多様なニーズにお応えします。核酸抽出、ライブラリ調製、シークエンシングからバイオインフォマティクス解析まで、パッケージとしても、それぞれ必要なサービスだけでもご提供しています。お問い合わせください。

豊富なアプリケーション

遺伝子多型の同定(SNV/InDel, SV, CNV)

  • 全ゲノムシークエンシング
  • エクソームシークエンシング
  • ガンパネル、カスタムパネル
  • PCRアンプリコン
  • ロングリードシークエンシング

新規ゲノムの解読

  • 全ゲノムシークエンシング
  • ロングリードシークエンシング
    (PacBio Sequel、10X Genomics Chromium)
  • 新規転写産物アセンブリ
  • 新規アイソフォームの同定(Iso-Seq)

遺伝子発現解析

  • ストランド特異的RNA-Seq
  • Small RNA-Seq
  • Non-coding RNA-Seq
  • Ultra-Low Input RNA-Seq
  • Single cell RNA-Seq

遺伝子制御機構の解明

  • 全ゲノムバイサルファイトSeq (DNAシトシンメチル化解析)
  • ATAC-Seq (活性クロマチン領域の同定)
    >調製済みライブラリーを提出
  • ChIP-Seq / RIP-Seq (タンパク質と核酸の相互作用解析)
    >免疫沈降済みあるいは調製済みライブラリーを提出

細菌叢、真菌、微生物群集の解析

  • 16S / 18S / ITS rRNA 解析
  • 16S全長解析
  • 全メタゲノミクス
  • メタトランスクリプターゼ

10x Genomics Chromiumによるシングルセルレベルの解析

  • Single Cell RNA-Seq: 遺伝子発現解析
  • CITE-Seq: 細胞表面タンパク質と遺伝子発現の同時解析
  • V(D)J: B/T細胞の可変領域と遺伝子発現の同時解析
  • CNV: コピー数多型の同定
  • sgRNAライブラリスクリーニング
  • CRISPRジェノタイピング
  • CRISPRオフターゲット解析
  • レパトア解析
  • 抗体スクリーニング

応用解析:

  • mRNAとmicroRNAの相関解析
  • RNA-SeqとATAC-Seqの融合解析
  • QTL-Seq
  • ゲノムワイド関連解析(GWAS)

保有機種

最新鋭のプラットフォーム

Illumina NovaSeq 6000 出力モード 2x 150 bp (S2/S4)
データ量(フローセル単位) 1.2 TB (S2) / 3.0 TB (S4)
Illumina HiSeq X Ten 出力モード 2x 150 bp (高出力)
リード数 / データ量 3.5億PEリード / 106 GB
Illumina HiSeq4000 出力モード 2x 150 bp (高出力)
リード数 / データ量 2.6億 PEリード / 78GB
Illumina HiSeq2500 出力モード 2x 250 bp (高速) 2x 100 bp (高出力) 1x 50 bp (高速)
リード数 / データ量 1.5億 PEリード / 75 GB 2.6億 PEリード / 52 GB 1.5億 SR / 7.5 GB
Illumina MiSeq 出力モード 2x 300 bp 2x 250 bp 2x 150 bp
リード数 / データ数 2,500万 PEリード / 15 GB 1,600万 PEリード / 8.0 GB 1,500万 PEリード / 4.5 GB
PacBio Sequel リード数 / データ数 最大50万リード / 5-8 GB 平均 / 最大リード長 10 kb / 約60 kb
用途例 新規の全ゲノム配列同定、構造多型の検出、新規アイソフォームの同定
  • 上記リード数およびデータ量は、NovaSeqについては1フローセルあたり、HiSeqシリーズについては1レーンあたり、Illumina MiSeqは1ランあたり、PacBio Sequelでは1 SMRT Cellあたりの出力です。
  • 2x およびPEはペアエンド、1x およびSRは、シングルリードシークエンシングを意味します。
  • ペアエンド構成でのリード数は、各断片両端からの2リード分を1PEリードとして表現しています。

遺伝子多型の包括的解析

各アプリケーションの特長・使用例

全ゲノムシークエンシング

  • リファレンス配列のある各種生物の変異・多型同定、医薬学から育種分野まで
  • 疾患関連遺伝子の大規模関連解析、バイサルファイト処理による全メチル化解析、CRISPRオフターゲット探索
  • 突然変異箇所の同定作業の加速、交配種での有用形質と多型の相関解析(QTL-Seq)
  • 標準の多型同定には30x カバレッジ、SNV / InDel のほか、SV(構造解析)、CNV(コピー数多型)も標準解析
  • リファレンスゲノムのない場合、新規ゲノムアセンブリ;PacBio + Illuminaあるいは10x Genomics Chromium

全エクソソームシークエンシング(対象はヒトおよびマウス)

  • ゲノムの1-2 %を占める、タンパク質のコード領域全体(エクソソーム)のみをシークエンシング
  • 全ゲノムシークエンシングと比較して、その約1/50の出力で同等のカバレッジを得ることが可能
  • 塩基置換だけでなく、逆位、転座などの構造多型およびコピー数の多型の検出にも対応
  • 正常・病理組織の比較など体細胞変異の同定、既知変異の確認、タンパク質機能への影響なども標準解析
  • ヒトエクソソーム領域の濃縮にはAgilent社のSuperSelect Human All Exon V6 kitを使用

RNA-Seq遺伝子発現解析

使用例
  • 変異体と野生型個体との間での遺伝子発現量の差違を調べることで、原因遺伝子の生物学的機能と下流の遺伝経路を推定
  • 薬剤投与した個体と未処理のコントロールの間で遺伝子発現の変化を解析、これにより、投薬による効果を転写レベルで解明
  • RNAウイルスの同定
  • コード遺伝子と非コード遺伝子(IncRNA, microRNAなど)の統合的解析にも対応

RNA-Seqのマイクロアレイ解析に対する優位性

RNA-Seq マイクロアレイ
再現性 高い 高い
感度 / ダイナミックレンジ 高い / 数倍~数万倍 低い / 数倍~数百倍
スプライシングパターン、新規転写産物の同定 可能(アイソフォームレベルでの発現を解析) 不可
リファレンス配列のない生物への解析 可能(アセンブリ / ORF分析 / アノテーション) 不可
SNP / INDEL同定 可能(アレル特異的な発現解析にも対応) 不可
価格 RNA-Seqとマイクロアレイでほぼ同じ

その他サービス

  • PacBio Sequel

    平均リード長 10-15 Kb、最大リード長 40 Kbのロングリード

    • 逆位、転座など大規模な構造多型の解析
    • 完全長cDNAの同定や新規転写産物、アイソフォーム、新規スプライシング様式の検出
    • 16S rRNAの全長解析による種レベルの細菌叢解析
    • より正確な全メタゲノミクス解析
  • 10x Genomics Chromium

    国内ラボでサービス開始、持ち込み、出張対応!

    • 1細胞レベルの遺伝子発現解析
    • 細胞表面タンパク質の同時解析
    • B/C細胞のV(D)Jと遺伝子発現解析
    • ゲノムのコピー数多型同定CNV
    • オープンクロマチン領域同定ATAC-Seq
    • DNAフェージングによるハプロタイプ解析
    • 疑似的ロングリードによる新規ゲノム同定

業界最速クラスの納期

  • シークエンシングのみ(レーン専有>90-100GB)
     ◆10営業日 特急(270,000円)
  • シークエンシングのみ(相乗り、1GB単位、納期13営業日)
     ◆WGS, WES, RNA-Seqの調製済みライブラリが対象
  • FAST新シリーズ!ライブラリ調製から解析まで、納期半分
     ◆WGS 全ヒトゲノム解析
     ◆WES ヒトエクソーム解析
     ◆RNA-Seq 遺伝子発現解析
     ◆16S 細菌叢解析
  • 納期は土日祝日を除く、サンプルの品質確認が完了してからの営業日数
  • シークエンシングのみレーン専有の短納期サービスでは、ライブラリをあらかじめプールして送付
  • シークエンシングのみのサービスには別途、品質確認の費用(5,600円)が追加

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