シークエンス: 次世代シーケンス

AZENTAのシングルセル解析サービス

AZENTA

従来のフルパッケージのサービスに加え、Chromium Controllerをお持ちの場合には後半のライブラリ調製(cDNA増幅精製後)からも受託、ルーティーンの作業を代行いたします。DNBSEQ(MGI tech)を使用した10xシングルセルRNA-Seq/V(D)J調製済みライブラリのシークエンシングも大好評。
現在、10x Visiumライブラリのシークエンシングおよび解析も承っております。

バルクRNAシークエンスとシングルセルRNAシークエンスの違い

バルクRNAシークエンス

シングルセルRNAシークエンス

シングルセルRNAシークエンスでは、今までバルクRNAシークエンスでは、得られなかった様々な情報が取得できます。

10x Next GEM技術について

10x Genomics Chromium Controllerの概要

  • ● 一度に最大8万細胞を解析可能

    ● シングルセル解析の多くは、10x社のChromium Controllerで実施されている

    ● 解析用の専用のソフトウェアもある

    ● 特長的なソリューション

    • Single cell RNA-seq
    • Singile cell V(D)J(遺伝子発現解析+免疫レパトア解析)
    • Single cell ATAC-seq
    • その他…

10x Next GEM技術

マルチプレット率

通常、1対1の割合で細胞とビーズが液滴に閉じ込められるが、細胞数が増えると1つのビーズに対して細胞が1つではなく、2つや3つ液滴に閉じ込められる割合が増加する。

マルチプレット率 (%) 細胞数
~0.8 ~1,000
~1.5 ~2,000
~2.3 ~3,000
~3.0 ~4,000
~3.8 ~5,000
~4.6 ~6,000
~5.3 ~7,000
~6.1 ~8,000
~6.8 ~9,000
~8.0 ~10,000

アゼンタの解析フォーマットの例

▼ シークエンス仕様:Illumina Hiseq X ten, Novaseq6000, MGI DNBSEQ-G400

▼ 解析対象細胞数と必要リード数の例
(Hiseq, DNBSEQ:3~4億ペアエンドリード/レーン)

● 仕様例

3,000細胞:GEX 10万リード/細胞 細胞数 x リード数 = ~3億リード
6,000細胞:GEX 5万リード/細胞
10,000細胞:GEX 3万リード/細胞
※各細胞で~30%のmRNAを捕獲

10x Cell Rangerによる解析

▼ システム要件

※システム要件を満たすPCをお持ちでない場合は、解析までのご依頼をお勧めいたします。

10x Loupe Browserよるデータ解析

10x社提供のLoupe™ Browserでインタラクティブな解析をお客様のPCで実行できます。

  • 発現マーカーに基づくアノテーション
  • クラスター間での発現比較・新規マーカー探索
  • サンプル間でのクラスターの比較と発現比較
  • 希少な細胞集団の検出
  • 同一細胞での遺伝子発現と免疫レパトアの解析
  • クロノタイプ(TCR・BCRのα/β・軽/重鎖ペア)同定

アゼンタの強みとご注文までの流れ

アゼンタの強み

  • 2016年に北米で初めて受託サービスを提供
  • 2018年に国内で初めて正細胞を対象とした受託サービスを開始したため、経験・実績が豊富
  • 世界で3社、国内で唯一10x社のCROプログラムに採択されているため、質の高い試験を提供
  • アゼンタ国内ラボでの実施も可能

国内ラボで実施した生物・細胞由来の例

  • ヒトPBMC
  • ヒト胃がん細胞
  • ヒト脂肪細胞(シングル核RNA-seq)
  • マウス破骨細胞
  • ヒト/マウスiPS細胞
  • マウス免疫細胞
  • マウス網膜組織
  • サル脳組織
  • マウス胎児生殖巣
  • 昆虫
  • 魚類精子

アゼンタの選べるシングルセル解析

  • ▼ 選べるアプリケーション

    • Single cell RNA-seq
    • Single cell V(D)J
    • CITE-seq
  • ▼ 選べる提出方法

    • 凍結細胞:アゼンタラボ送付
    • 生細胞:アゼンタラボ持ち込み
      出張解析
    • 全血での提出
  • ▼ 選べる工程

    • 全行程
    • シークエンスのみ
    • シークエンスまで
    • ライブラリ調製から
    • データ解析のみ

提出可能な検体タイプ

解析結果の品質は、生細胞率(80%~)の高さで決まります。

受託可能な検体タイプ 凍結細胞 生細胞
末梢血細胞(PBMC)
培養細胞
生組織由来単離細胞
全血
(瞬間凍結組織) ×

※凍結手法は細胞種に適した方法またはアゼンタ推奨方法となります。

ご相談・お見積りについて

シングルセル解析やその他のご相談は、下記フォームまたは、jutaku@fujifilm.comまでご連絡をお願いいたします。
WEB面談でのご相談やご説明についても随時受付ております。

お見積り・ご注文について

ご依頼方法

お見積りやお問合せについては、下記のお見積り・ご注文フォームに必要事項をご記入の上ご連絡いただくか、jutaku@fujifilm.comまでご連絡をお願いいたします。

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