遺伝子解析: 非バイアス 次世代 TCR/BCRレパトア解析

非バイアス 次世代 TCR/BCRレパトア解析

Repertoire Genesis株式会社

次世代シーケンサーを用いたT細胞受容体(TCR)およびB細胞受容体(BCR)遺伝子の多様性解析(レパトア解析)の受託を行うサービスです。Adaptor-ligation PCR法を用いることで、定量性に優れた非バイアスのレパトア解析を提供します。
特定のTCRやBCRを遺伝子レベルで同定できるため、白血病や悪性リンパ腫における微小残存病変(MRD)の検出に有効です。

対象解析:TCR/BCR レパトア解析・16S rRNA菌叢解析
備考:レパトアジェネシスの解析サービスを初めてご利用されるお客様に限り、解析費用が1~9検体で30%割引、10検体以上で50%割引

特長

  • 次世代シーケンサーを用いたTCR、BCR遺伝子のレパトア解析を行います。
  • 検体をお預かりし、レパトアジェネシスにてレパトア解析、データ解析を完了した後、結果をご報告いたします。
  • ヒト、マウスの血液、組織、培養細胞、ソート細胞のTotal RNAを解析に用います。
  • 一つの検体で最大11項目(TCR:α、β、γ、δ、BCR:IgM、IgG、IgA、IgD、IgE、IgL、IgK)のレパトア解析が可能です。
  • ご希望により納期の短縮(通常2 ヶ月、最速2 週間)も可能です。

<原理>非バイアス次世代レパトア解析

1:TCR、BCR遺伝子の多様性
TCR、BCR遺伝子は、ゲノム上では多数のV(variable)、D(diversity)、J(joining)およびC(constant)の遺伝子断片からなります。分化、成熟の過程で遺伝子再構成が行われ、それぞれ1つずつがランダムに選ばれて結合します。さらにV-D間、D-J間にランダムに塩基の挿入や欠失が起こり、遺伝子の多様性が高まります。その程度はTCRで10の18乗、BCRで10の14乗におよびます。次世代レパトア解析では、この多様性を塩基配列レベルで網羅的に解析します。

95080_img01.gif

2:3つの技術
非バイアス遺伝子増幅、次世代シーケンサー、バイオインフォマティクスの3つの技術から成り立ちます。非バイアス遺伝子増幅では、1セットのプライマーで全TCR遺伝子を増幅するAdaptorligation PCR法を採用しています。本法ではMultiplex PCR法のような多数のプライマー間で生じるバイアスが原理的に発生せず、さらにBCR遺伝子で問題となるポイントミューテーションによるミスハイブリの心配もありません。次世代シーケンサーは、500-600 bpのロングリード解析ができるMiSeq(illumina)、GSJunior(Roche)を採用し、1つのリードでV、D、J、C領域をアサインメントします。バイオインフォマティクスでは、レパトア解析専用ソフト「Repertoire Genesis」を独自開発し、レパトアジェネシス内の専用サーバーで解析します。

95080_img02.gif

用途例

対象 遺伝子 目的
悪性リンパ腫白血病 TCR、BCR 腫瘍細胞のTCR、BCR遺伝子をクローンレベルで決定、追跡、微笑残存病変の検出
免疫チェックポイント阻害薬 TCR 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価
骨髄移植 TCR、BCR レパトアの多様性から免疫能回復を評価
がんワクチン免疫細胞療法 TCR 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価
感染症 TCR、BCR ウイルス特異点TCRの同定、ウイルス抗原特異点抗体遺伝子の同定
自己免疫疾患 TCR、BCR 自己反応性T細胞や自己抗体遺伝子の同定
消化管免疫 TCR、BCR レパトアと腸内細菌蕞の関連性を評価
開発支援 TCR、BCR TCR遺伝子治療法、新規CAR-T、抗体医薬等

サービスの流れ

95080_img03.PNG

ご提供いただくもの

ヘパリン等で凝固防止された血液
RNAlater等のRNA安定化試薬で保管された組織検体
ISOGEN等のRNA抽出試薬で溶解された検体
ご自身で抽出されたTotal RNA

※ Total RNAは大変分解されやすいものであり、分解されてしまいますと良好な解析結果を得ることができません。検体を適切に処理、発送するためのプロトコールをレパトアジェネシスホームページ内に準備しております。検体処理を開始する前に必ずご確認ください。

価格/納期

価格 納期
お見積り内容をご確認下さい 検体受け取り後2ヶ月
(最短2週間)

納品物

  • 納品書、解析報告書
  • DVD(シーケンスデータ、レパトア解析データ、集計データ)

実施例

BALB/cでは、マウス乳がんウイルス(mtv)による特定のβ鎖V遺伝子欠損を有する。C57BL/6とのレパトアの傾向を比較した。

95080_img04.gif

健常者PBMCにおけるTCRα鎖β鎖レパトア解析例(VJレパトア3Dグラフ、ランキング)

95080_img05.gif

お見積り・ご注文について

ご依頼方法

下記のお見積り・ご注文フォームに必要事項をご記入の上ご連絡ください。

  • 掲載内容は本記事掲載時点の情報です。仕様変更などにより製品内容と実際のイメージが異なる場合があります。
  • 掲載されている試薬は、試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。
  • 表示している希望納入価格は「本体価格のみ」で消費税等は含まれておりません。
  • 表示している希望納入価格は本記事掲載時点の価格です。

受託サービスに関するお問合せ先

お問合せ窓口