バイオインフォマティクス: 次世代シークエンス

次世代シークエンス受託解析サービス

アメリエフ株式会社のデータ解析受託はお客様の研究のお役に立つ解析担当者を目指しています。
学会発表や論文調査、解析ツールの試行、論文の公開データを用いた解析手法の検討などを通して、ご希望に沿った最良の解析をご提案できるよう、新しい解析手法の確立や解析精度の向上に取り組んでいます。

解析担当者の多くはバイオ医療分野出身者です。参考論文、データの背景、解析の狙いなど、お気軽にお聞かせください。
WEB面談での丁寧なサポートをさせていただきます。

受託サービスの内容
RNA-seq解析
シングルセルRNA解析
お見積り・ご注文について
関連サービス

受託サービスの内容

WEB会議による丁寧な解析手法と解析結果のご説明を通して、結果の解釈を支援いたします。
研究目的にあわせて、柔軟にサンプル間比較や群間解析を実施します。
同様の解析を実施するためのトレーニングや、解析のシステム化・自動化、より深堀となる解析などをご提案します。

受託データ解析の流れ

RNA-seq解析

RNAseq解析とは、次世代シーケンサー（NGS）を用いて転写物の塩基配列を決定する方法です。この配列をリファレンスゲノムへアライメントし、転写産物毎の発現量を測定し、通常はサンプル間の発現量の比較解析を行います。スプライスバリアント毎の発現解析、融合遺伝子検出、変異解析、新たな転写産物の予測を行うことができます。
リファレンスゲノムのない生物の場合でも、配列をアセンブルして転写産物モデルを構築し、アライメントさせて解析することができます。

解析メニュー

解析専門スタッフが研究目的に沿った充実のメニューからご提案いたします。

基本解析

シーケンスデータのクオリティコントロール
参照配列へのマッピング
遺伝子発現定量
二群間比較
発現変動遺伝子の抽出
クラスタリング、ヒートマップ作図

高次解析

GO解析、パスウェイ解析（対応可能な生物種のみ）
WGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

ディスカッション

対象サンプルの確認
発現変動遺伝子の確認
図表の調整

供与物・納品物

供与物

FASTQデータ
サンプル情報
生物種
比較の組み合わせ情報

納品物

データ解析結果報告書(PDF)
発現変動解析結果ファイル（XLSX）
Volcano plot（PDF）
ヒートマップ（PDF）

報告会

１回（最終報告会）

受託解析事例

【目的／サンプル／手法】

培養細胞 WT群とKO群各6サンプルの発現データに対して、クラスタリングおよびヒートマップ作成、二群間比較、発現変動遺伝子のGO解析を実施。

【結果】

KO群でのみ有意に発現が上昇または減少している遺伝子群が得られ、それらが細胞骨格に関わるgene onotolgyをもつ遺伝子に有意にエンリッチしてるという結果が得られた。

【結果図表】

クラスタリング結果ヒートマップ、発現変動結果XLSX、GOエンリッチメント解析のXLSX・PDF

納品物例（一部）

階層的クラスタリング

Volcano Plot

Gene Ontology解析

パスウェイ解析

製品サイト：https://amelieff.jp/commissioned/rna/

シングルセルRNA解析

シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。
一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。