バイオインフォマティクス: 次世代シークエンス

次世代シークエンスデータ解析受託

アメリエフ株式会社

アメリエフ株式会社のデータ解析受託はお客様の研究のお役に立つ解析担当者を目指しています。

学会発表や論文調査、解析ツールの試行、論文の公開データを用いた解析手法の検討などを通して、ご希望に沿った最良の解析をご提案できるよう、新しい解析手法の確立や解析精度の向上に取り組んでいます。

解析担当者の多くはバイオ医療分野出身者です。参考論文、データの背景、解析の狙いなど、お気軽にお聞かせください。

次世代シークエンスデータ解析受託

次世代シーケンス(NGS; Next-Generation Sequencing)データ
  • NGS変異検出
  • がん体細胞変異検出
  • NGS RNA-seq
  • NGS ChIP-seq
  • NGS Methyl-seq
  • NGS miRNA-seq
  • GBS(Genotyping by sequencing)
  • 融合遺伝子検出
  • シングルセルRNA-seq

SNP アレイ、CNVアレイ、DNAメチル化アレイ
マイクロアレイ

のデータ解析受託も行います。

データ解析受託形態

受託解析

データをお預かりしアメリエフ株式会社にて解析を行い、解析結果をご報告いたします。

オンサイト解析

ご訪問によるお客様先での解析作業を行います。

特長

オープンソースを用いた解析

論文掲載実績のあるツールで構成された解析パイプラインを使用します。

スピード報告

2 ~ 4 週間で解析結果の報告書を提出いたします。

オーダーメイド

研究目的とご予算に沿った解析プランをご提案します。データ解析環境の構築サービスもございます。

解析例:シングルセルRNA-seq

シングルセルRNAシーケンスは、個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、高解像度で細胞間の差異を把握できる手法です。

ご要望 薬剤耐性にかかわる遺伝子を探索したい。
化学療法後に再発した患者様の、再発前後のがん組織について、scRNA-seq解析を行い、再発後に再増殖した細胞集団に特異的な発現プロファイルを明らかにしたい。
解析内容
  1. 算出したUMIカウントデータに対し、検出限界を下回った遺伝子および細胞のクオリティコントロールを行う。
  2. フィルタ後のUMIカウントを用いて正規化・クラスタリングを行い、全細胞をいくつかのクラスタに分類する。
  3. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的なクラスタを探索する。
  4. 各クラスタにおいて、他のクラスタよりも高発現しており、そのクラスタを特徴づける遺伝子(マーカ遺伝子)の探索を行う。
  5. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的に発現している遺伝子を探索する。
納品物
  1. 解析報告書
  2. クラスタリング結果
  3. マーカー遺伝子の発現状況を可視した図
  4. 解析中間データ

解析例:circular RNA解析

RNA-seqのデータからcircular RNAを検出し、疾患関連情報を付与します。

特長

  • DCC[1]というcircular RNA検出用のソフトウェアを用いてcircular RNAを検出します。
  • 既知circular RNAのデータベースCircBaseと疾患関連データベースcirc2Traitsの情報をアノテーションいたします。
  • CircTest[3]を用いて、既知および未知のcircular RNAの発現比較解析を行います。

[1] Specific identification and quantification of circular RNAs from sequencing data., Bioinformatics. 2015

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ご依頼方法

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