RNA抽出
ISOSPIN Plant RNA
ISOSPIN Plant RNA (アイソスピン プラント RNA) は、植物組織からRNA を抽出・精製するためのキットです。本キットは、カオトロピックイオン存在下でRNA がシリカへ吸着する原理を応用しており、フェノールやクロロホルムを使用しません。使用するスピンカラムは、カラム容積を最大限確保しており、内封されたシリカメンブレンは、充分なRNA 吸着容量と高い溶出効率を確保しています。
本キットでは、夾雑物を遠心分離により除去する方法とシリカメンブレン上でのDNase I 処理を採用しており、約1 時間で高純度のRNA を抽出・精製できます。
Assist Buffer for ISOSPIN Plant RNA
本製品は、植物組織からのRNA抽出キット「ISOSPIN Plant RNA」専用のオプションバッファー (補助試薬) です。キットのみでは抽出困難な植物試料からでもISOSPIN Plant RNA のPT-Extraction Buffer に本製品を加えるだけで、高収量、高純度なRNAを抽出することができるようになります。
特長
- 高純度RNA
遠心分離による夾雑物の除去とシリカメンブレン上でのDNase I 処理により高純度なRNA抽出が可能です。 - フィルターによる前処理が不要
試料のホモジナイズやろ過を目的としたフィルター処理を必要としません。本キットは遠心分離により夾雑物を沈殿して除去します。 - フェノール、クロロホルムが不要
フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒は使用しません。 - DNase I 添付
DNase I (RNase free) がキットに含まれているため、別途購入の必要はありません。 - 抽出困難な植物試料 (松葉やバラ) にはAssist Buffer添加
いままで困難だったマツ (葉)、バラ (葉、花弁)、ツバキ (葉)、ブドウ (果肉、外皮) などからも効率よくRNA抽出可能です。
プロトコール
-
標準プロトコール (Assist Buffer なし)
-
オプションプロトコール (Assist Buffer あり)
RNA収量の目安
| 試料 | RNA収量 |
|---|---|
| ホウレンソウ (葉) | 0.5 µg RNA / mg tissue |
| ブロッコリー (芽生え) | 1.0 µg RNA / mg tissue |
| キャベツ (種子) | 1.3 µg RNA / mg tissue |
| キャベツ (芽生え) | 1.4 µg RNA / mg tissue |
| キャベツ (葉) | 0.1 µg RNA / mg tissue |
| タケ (葉) | 0.3 µg RNA / mg tissue |
| チューリップ (球根) | 0.2 µg RNA / mg tissue |
シロイヌナズナの葉からのRNA抽出(RNA品質の比較)
ISOSPIN Plant RNA およびA社RNA抽出キットを用いて、シロイヌナズナの葉から各社プロトコールに従いRNAを抽出した。抽出したRNAの品質を、バイオアナライザ (Agilent Technologies社) によるRIN値の測定、アガロースゲル電気泳動、および吸光度測定により比較した。
吸光度測定結果とRIN値
-
抽出キット A260 / A280 A260 / A230 RNA収量
(ng / mg tissue)RIN値※ ① A社 1.95 1.13 72 7.8 ② ISOSPIN Plant RNA 2.35 2.69 79 7.5 ※n=2
-
Lane ① : A社キットで抽出したRNA
Lane ② : ISOSPIN Plant RNAで抽出したRNA
各100 ngずつ電気泳動 in 1% Agarose
RNAの吸光スペクトル
結果
ISOSPIN Plant RNAで抽出したRNAは、A社キットで抽出したRNAと比べて、より高品質であることが確認できた。また電気泳動では、各サンプルの吸光度に基づき同じRNA量を泳動しているが、ISOSPINで抽出したRNAはバンドが濃く、高純度であることが示唆された。
ISOSPIN Plant RNAを用いた他の抽出例はニッポンジーンのホームページよりご参照下さい。
ISOSPIN Plant RNAとAssist Buffer for ISOSPIN Plant RNAの併用によるRNA抽出効率の改善
RNA抽出が困難な植物組織から、ISOSPIN Plant RNAのみ、またはISOSPIN Plant RNAとAssist Buffer for ISOSPIN Plant RNAを併用してRNA抽出を行い、抽出したRNA溶液の吸光スペクトルを比較した。
結果
ISOSPIN Plant RNAだけではRNA抽出が困難な植物組織において、Assist Buffer for ISOSPIN Plant RNAと併用することにより、RNAの収量や純度を改善することができた。
効果が確認された植物組織
ISOSPIN Plant RNAとAssist Buffer for ISOSPIN Plant RNAの併用によりRNA抽出効率の改善が確認された組織
-
植物組織 収量の目安 マツ (葉)※ 0.1 µg RNA / mg tissue バラ (葉)※ 50ng RNA / mg tissue バラ (花弁)※ 80ng RNA / mg tissue ツバキ (葉)※ 70ng RNA / mg tissue ミカン (外皮)※ 80ng RNA / mg tissue カキ (果肉)※ 30ng RNA / mg tissue ブドウ (果肉)※ 10ng RNA / mg tissue ブドウ (外皮)※ 50ng RNA / mg tissue -
植物組織 収量の目安 バナナ (果肉)※ 15ng RNA / mg tissue コチョウラン (葉)※ 20ng RNA / mg tissue シクラメン (葉)※ 0.1µg RNA / mg tissue イチゴ (葉)※ 0.1µg RNA / mg tissue トマト (果肉)※ 25ng RNA / mg tissue トマト (種子)※ 60ng RNA / mg tissue チャ (葉) 0.6µg RNA / mg tissue
※ISOSPIN Plant RNAだけではRNA抽出が困難な植物組織
Q & A
Q：RNA抽出効率が悪い場合の改善方法はありますか。
- A
- ： 試料のホモジナイゼーションまたは溶解が不十分だと、PT Extraction Buffer (植物用) に触れていない細胞内部でのRNA分解が進みます。組織の摘出を素早くすることと、効果的にホモジナイズすることが重要です。
Q：ISOSPIN Plant RNAで抽出したRNAをRNA-seq解析に使用した実績はありますか？
- A
- ： 東京大学植物病理学研究室の以下論文にて、RNA-seq解析のRNA抽出に本キットをご使用いただいております。
Tokuda R, Nishikawa M, Hosoe N, Nijo T, Iwabuchi N, Yoshida T, Watanabe K, Maejima K, Yamaji Y, Namba S. (2019) Complete Genome Sequence of a Carrot Torradovirus 1 Isolate, Obtained from Angelica. Micorobiology. 8 (15): e00110-19
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