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サービス内容

【WET】シングルセル遺伝子発現Flex

• 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製
• Illumina社 NovaSeq6000による1.5億リード / サンプル のシーケンシング
• Cell Rangerによる発現定量

【DRY】バイオインフォマティクス解析

• 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot））
• サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
• 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）

サービス内容

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ：固定分散済み細胞

（Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit 指定）

• 細胞数は10⁶細胞以上であること。
• 固定分散済みの細胞をご提出ください。
• -80℃で保管していること。
• 固定分散は10x Genomics指定の手順に準じ実施していること。

• 生物種はヒトおよびマウスになります。
• FFPEの場合はサンプル要件等異なりますので別途ご相談ください。
• 凍結組織または凍結細胞のご提出で Flexを実施の場合は、固定・細胞分散費用として、30,000円/サンプルが発生します。またプローブを使用して RNAを検出するため、従来法より高感度ですが、配列情報の取得はできません。

価格表（税抜）

製品名		価格
①シングルセル遺伝子発現 Flex WET&DRY	4サンプル	260万円 （65万円/サンプル）
	8サンプル	500万円 （62.5万円/サンプル）
②納品費	クラウド納品	0.4万円/回
	HDD納品	4万円/台

上記の解析に必要な費用は下記の合計金額（税抜）です。
合計金額 =①解析費用 (サンプル数×単価) + ②納品費

ご利用の流れ

• 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
• ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
• 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
• 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。

サービス内容

【WET】空間的遺伝子発現解析

• Stereo-seq™ 技術（STOmics®）を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
• MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング（10-15M paired-end reads/検体）

【DRY】バイオインフォマティクス解析

• 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）
• サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
• 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）

データ解析内容

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ：OCT凍結包埋新鮮組織

• 生物種：ヒト、マウス（それ以外は要相談）
• 組織溶解条件の確認
  • 凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Pへのマウント
  • 別途切片3~5枚程度を凍結保管（RNA抽出して品質を確認
• 転写物解析用の実験
  • 凍結切片 ( 厚さ10μm) の作成と専用チップChip Tへのマウント

価格表（税抜）

製品名		価格
空間的 遺伝子発現解析 （Stereo-seq™） WET＆DRY	1サンプル	196万円
	2サンプル	340万円 （170万円/サンプル）
	3サンプル	498万円 （166万円/サンプル）
	4サンプル	580万円 （145万円/サンプル）

※諸経費込みの総額費用

ご利用の流れ

• 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
• ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
• 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
• 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。

データ解析内容

• 解析レポート、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• 発現定量解析：マッピング、発現定量、階層的クラスタリング (ヒートマップ描画)、主成分分析
• 二群間の発現量比較解析：Volcano plot
  ※サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なります。統計的には6サンプル以上が必要です。
• エンリッチメント解析：Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式

• FASTQファイル

納品物

• 解析結果の最終レポート（PDF）
• データ解析結果（PDF、Excel など）

価格表（税抜）

製品名		単価
RNA-seq データ解析	6~19サンプル	2.8万円/サンプル
	20サンプル以上	2.5万円/サンプル

基本的なデータ解析に必要な費用は上記表（税抜）の通りになり、それ以外の費用はかかりません（クラウド納品になります）。