バイオインフォマティクス: 次世代シークエンス
SeqNova™ データ解析サービス
北海道システム・サイエンス株式会社では独自の「SeqNova™データ解析 System」を構築し、次世代シーケンスデータをより有効にご活用頂ける解析サービスを併せてご提供しております。
実験系のご提案からその後の詳細なデータ処理までトータルサポートいたします。新規性の高い技術となりますので、ご希望の解析内容、実験目的などから最適な解析内容をご提案いたします。
ご遠慮なくご相談ください。
SeqNova™ LS(Large memory Server)
ゲノムサイズの大きな生物種のゲノム解析、自然環境のメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析などでお困りではないですか？HSSでは次世代シーケンス解析のために大容量メモリを搭載した高機能サーバーを導入し、解析をお手伝いいたします。
次世代シーケンサーは、遺伝子発現解析、SNPなどの変異解析を行う上で非常に有効な解析ツールです。
しかし、ゲノム情報のない生物種のゲノム解析を行う場合、次世代シーケンサーから出力された短いリード配列を用いてゲノム配列の再構築をする必要があります(de novo アセンブル)。
de novo アセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、計算時間が長い上に大量のメモリを必要とします。
それは、de novo アセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせを網羅的に比較する必要があるためです。そのため、アセンブルの計算量は断片数と断片長に依存して増大していくため、ゲノムサイズの大きな生物種や多種生物ゲノムが混じった環境サンプルなどでは凄まじい計算量を要することになります。
弊社ではヒトサイズゲノム生物のde novo アセンブルを行うことが可能な国内最大級の解析サーバーをご用意して皆様のご利用をお待ちしております。
解析ご提供項目
下記○を提供しております。
| ゲノムシーケンス | ChIPシーケンス | mRNAシーケンス | small RNAシーケンス | |
|---|---|---|---|---|
| マッピング | ○ | ○ | ○ | ○ |
| SNP候補検索 | ○ | |||
| 変異解析 | ○ | |||
| 頻度解析 | ○ | ○ | ○ | |
| de novoアセンブル | ○ | ○ | ||
| アノテーション付加 | ○ | ○ | ○ | ○ |
| 検体間比較 | ○ | ○ | ○ | ○ |
| 二次構造予測 | ○ | |||
| 専用ビューアー向けデータ加工 | ○ | ○ | ○ | ○ |
お見積り・ご注文について
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