バイオインフォマティクス: 次世代シークエンス解析サーバ・ソフトウェア

次世代シークエンスデータ解析サーバ

次世代シーケンス(NGS; Next-Generation Sequencing)データの解析を行います。Exome-seq、Target-seq、RNA-seq、ChIP-seqに加え、miRNA-seq、Methyl-seqなどの解析パイプラインに対応しています。解析の途中経過をリアルタイムで確認することができ、マッピング率などの集計値が出力されます。生物種や解析パイプラインに合わせた3種のモデルをそろえました。静音型なので、デスクの足元に置くことのできる解析環境として人気の製品です。

デスクサイドで始める本格派ゲノミクス解析

準備するのはFASTQファイルだけ
世界標準のオープンソースソフトウェアを搭載
データ解析から生物学的な意味づけまで優れた拡張性

製品情報
解析ツール
用途
お見積り・ご注文について

製品情報

モデル	スタンダード	エンタープライズ	ハイエンド
解析パイプライン	下記から1つ選択ください	下記から最大2つ選択ください
解析パイプライン	Resequence/Exome解析パイプライン (Whole Exome Sequence, Whole Genome Sequence対応) RNA-seq解析パイプライン ChIP-seq解析パイプライン Clinical-seq解析パイプライン(Resequenceパイプラインが必須となります)
リファレンスゲノム	下記から1つ選択ください	下記から最大2つ選択ください
リファレンスゲノム	hg19 GRCm38(mm10) rn5,rn4 TAIR10 MEDAKA1
OS	CentOS7 64bit (日本語版)
CPU	Intel Core i7 [4.0GHz/4Core]	Intel Core i7 [3.5GHz/6Core]	Intel Xeon E5 [3.2GHz/8Core] x 2基
メモリ	32GB (8GB x 4本)	64GB (8GB x 8本)	256GB (16GB x 16本) ECC付
ストレージ	SSD : 80GB(OS用) HDD : 2TB x 1台 (データ用)	SSD : 120GB(OS用) HDD : 2TB x 4台 (RAID構成、データ用)	SSD : 160GB(OS用) HDD : 3TB x 8台 (RAID構成、データ用)
筐体サイズ	W220 mm x H465 mm x D505 mm		W178 mm x H437 mm x D648 mm
UPS	なし	あり
設置・導入	設置サービス初回導入チュートリアル
サポート(有償)	データ解析サポート･･･解析パイプラインとサーバの基本操作について、電話またはメールでの技術サポートを行います。(1年間) バイオインフォマティクス・トレーニング(Linux基礎　他) パイプライン開発チュートリアル(実データ利用)･･･発注時にお手持ちのデータをお預かりし、納品時に解析結果を用いたチュートリアルを実施します。出張サポート
同梱物	23インチディスプレイキーボードマウス本体マニュアルクイックスタートマニュアルインストールメディア
納期	約4週間	約4週間	約8週間
価格	1,100,000円(税別)	1,800,000円(税別)	4,600,000円(税別)
対象	微生物などゲノムサイズの小さい生物種の解析に	ヒトやマウスなどのExome/RNA-seq/ChIP-seq解析に	全ゲノム解析や大量サンプルの解析に

販売価格は仕入れ価格により変動いたします。

解析ツール

解析ツール	概要
FastQC	次世代シーケンサーから得られたFASTQファイルデータのクオリティコントロールを行うツールです。
cutadapt	シーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのツールです。5’ 末端と 3’ 末端の両方からアダプター配列を除去することができます。
Trimmomatic	次世代シーケンサから得られた配列データのトリミングを行うツールです。パラメータの設定により、低クオリティリードの除去やプライマー配列の除去を行えます。
Bowtie	次世代シーケンサから得られた配列データを、参照配列にマッピングするツールです。短いリード(< 50 bp)ではBowtie2よりも高速に処理できる場合があります。
BWA	次世代シーケンサから得られたリードのマッピングを行うツールです。短いリードだけでなく 1000 bp付近のリード長のマッピングにも対応しています。
BSMAP	バイサルファイトシーケンスのマッピングやメチル化率算出を行うツールです。SOAPをベースに開発されており、WGBSとRRBSの両方に対応しています。
SAMtools	SNV検出やアライメントの表示、インデックス作成、データ抽出、ファイル形式の変換などを行うツールです。
Picard	SAMやBAMファイルを操作するためのツールセットです。重複リードの除去やカバレッジ集計などに用います。
BLAST	塩基配列やアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うツールです。クエリシーケンスを参照配列に対してローカルアライメントする際に用いられます。
MACS	ChIP-seq解析に用いられ、高分解能のピーク検出を行うツールです。MACSでは両ストランドのピークを検出し、それらの中央を結合サイトとして扱います。
SnpEff	SNVやIndelなどの変異に対するアノテーションを行うツールです。広く解析されている生物種の場合は、SnpEffがアノテーションのデータベースを公開しています。

用途

研究目的に合わせてご提案いたします。

基礎研究

NGS データ解析を始めたいけれども、何から手を付けて良いかわからない方
利用している NGS データ解析ソフト以外のソフトでも解析結果を検証したい方
サンプル数が増えてきたので、データ解析処理を自動化したい方

臨床研究

臨床的にアクショナブルな変異を報告書のような分かりやすい形でみたい方
特定の遺伝子や、疾患に関連する既知の変異を中心に解析したい方
様々な人種のアリル頻度や変異影響予測ソフトの情報など、複数のデータベースを用いて統合的にアノテーションを付けたい方

お見積り・ご注文について

ご依頼方法

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掲載されている製品について

【試薬】

試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。

試験研究用以外にご使用された場合、いかなる保証も致しかねます。試験研究用以外の用途や原料にご使用希望の場合、弊社営業部門にお問合せください。

【医薬品原料】

製造専用医薬品及び医薬品添加物などを医薬品等の製造原料として製造業者向けに販売しています。製造専用医薬品(製品名に製造専用の表示があるもの)のご購入には、確認書が必要です。
表示している希望納入価格は「本体価格のみ」で消費税等は含まれておりません。
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