siRNA設計 Gene Swatter siRNA
siRNAの設計は、RNAi実験を行う上で非常に重要な要素の一つとなっています。
本サービスはお客様からお預かりした標的遺伝子に対して、高度なアルゴリズムによりsiRNA配列をデザインし、 PAGEグレードで合成した2本のsiRNAのうちいずれか1本がmRNA レベルで70%の抑制を示すことを保証するサービスです*1。ご提供したsiRNAがいずれもmRNAレベルで70%以上の抑制を示さなかった場合は無償で再デザイン・再合成を行います*2, *3。
もちろん、デザインしたsiRNAの配列情報は全てお知らせいたします。
*1：標的遺伝子の配列によっては、mRNAレベルで70%の抑制を示す配列をデザインできない場合があります。
その際は詳細をご報告してご相談させて頂きますが、場合によっては手数料のみ頂くことがございます。
*2：納品後、3ヶ月以内にご使用いただいたsiRNAが対象となります。
*3：再デザイン・再合成を行う場合には、以下のデータをご提供いただき、ニッポンジーンにて検討をさせていただきます。
a) 発現効率を示すReal-Time PCRまたはノーザンブロッティングなどのデータ
b) コントロールsiRNAなどを用いたトランスフェクション効率についてのデータ
c) その他、こちらより必要と思われるデータについてお伺いする場合があります。
Gene Swatter siRNA デザイン法
配列設計には、三菱電機ソフトウエア株式会社との提携により、siRNA配列設計専用ソフト「siSNIPER」を使用します。「siSNIPER」では、siRNAを5つの指標でスコア化し、それらを総合することによって高精度な遺伝子抑制効果の予測を実現しています。
| Profile Score | 活性のあったsiRNAに共通する配列の特徴を表すプロファイルを利用します。 |
|---|---|
| Load Score | siRNA内部のエネルギー安定性により生じる偏りを利用します。 |
| GC Score | 実験データから得られたsiRNAのGC含有率と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
| Position Score | ターゲットのmRNA中での位置と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
| Specificity Score | ゲノム中での配列の特異性をスコア化して、Off-target effectを回避します。 |
基本サービス
| 合成鎖長 | 21 bases |
|---|---|
| 形状 | 凍結乾燥・アニーリング済み |
| 保証収量 | 15 nmol / 本 |
| 添付buffer | RNase free water 1 mL / 本 |
| 納期*1 | 12営業日 |
| 希望納入価格(税別) | 2本セット 102,000円 |
*1：受注日を「0」とした場合の出荷日
オプション
その他、ご要望に応じたオプションサービスも用意しております。
オプション例
- 遺伝子ファミリー内の特異的ノックダウン(ファミリー内のoff-targetの排除)
- 遺伝子ファミリー内の共通配列の選択(ファミリー内のノックダウン)
- 中程度の抑制(50%程度の抑制)の選択 等
注意事項
お申し込みの前に
以下の注意事項を必ずご一読いただき、ご理解をいただいたお客様について設計を代行させていただきます。
- ファックス・書面によるお申し込みはお受け致しかねますのでご注意ください。必ずニッポンジーンのホームページにある所定の申込用紙にご記入いただき、指定のメールアドレスに添付してお送りください。
- お客様からお預かりする配列に対するsiRNAデザインについて、必ずスタートコドン・終止コドンの位置の情報をご記入ください。
- 検索はあくまでソフトウェア上での最適化であり、実際のRNAi系での反応テストを行っているものではないことをご了承ください。
- 設計されたsiRNAのBLASTなどのホモロジ－検索は行いません。
- 本サービスは、ニッポンジーンにてsiRNAカスタム合成を行うお客様のみへのサービスとなります。
お見積り・ご注文について
ご依頼方法
ニッポンジーンのホームページよりお申し込みください。
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- 掲載されている製品について
- 【試薬】
- 試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。
- 試験研究用以外にご使用された場合、いかなる保証も致しかねます。試験研究用以外の用途や原料にご使用希望の場合、弊社営業部門にお問合せください。
- 【医薬品原料】
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