新型コロナウイルス変異検出キット

パンフレット表紙

本キットは、当社独自の設計手法により開発した検出試薬で、新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) の変異をワンステップ RT-qPCR法で検出することができます。

概要

世界中で新型コロナウイルスの変異株が拡大しており、日本国内でも感染者が多数報告されています。変異株は世界各国で確認されており、感染経路の特定と早急な封じ込めが必要とされています。
当社では、WHOの懸念される変異株(Variant of Concern; VOC) が保有している4種類の変異(N501Y、E484K、L452R、E484Q)を高感度かつ迅速に検出できるキットを販売しています。
また、新たにWHOの注⽬すべき変異株(Variant of Interest; VOI)に分類されたラムダ株が保有するdel247-253変異を検出できるキットを発売しました。

N501Y

501番目のアミノ酸がアスパラギン(N)からチロシン(Y)に変異。
Sタンパク質の受容体結合部位に位置し、ヒト及びマウスの受容体 ACE2 との結合親和性を高める。

  • アルファ型(B.1.1.7)、ベータ型(B.1.351)及びガンマ型(P.1)に共通の変異
  • 従来株よりも、感染しやすい可能性あり
E484K

484番目のアミノ酸がグルタミン酸(E)からリシン(K)に変異。
従来株よりも、免疫やワクチンの効果を低下させる可能性が指摘されている。

  • ベータ型(B.1.351)及びガンマ型(P.1)に共通の変異
  • ワクチン接種により形成された抗体を中和させる可能性(ワクチンの効果を低下させるとの報告あり1)-3)
L452R

452番目のアミノ酸がロイシン(L)からアルギニン(R)に変異。
L452Rに対して、日本人の6割が持つ「HLA-A24」というタイプの白血球の免疫効果が弱くなる可能性が報告されている。

  • カッパ型(B.1.617.1)、イプシロン型(B.1.427/B.1.429)及びデルタ型(B.1.617.2)に共通の変異
  • 感染力が強く、特にアジア系人種について免疫やワクチンの効果を低下させる可能性あり4)
E484Q

484番目のアミノ酸がグルタミン酸(E)からグルタミン(Q)に変異。
従来株よりも、免疫やワクチンの効果を低下させる可能性が指摘されている。

  • カッパ型(B.1.617.1)で確認されている変異
  • ワクチンの効果を低下させる可能性あり
del247-253

Sタンパク質の247番目から253番目のアミノ酸が欠損している変異。

  • 注⽬すべき変異株(Variant of Interest; VOI)に分類されているラムダ型(C.37)で確認されている変異
表.従来型及び変異株の一覧
変異株
(Lineage No.)
最初に検出された国N501Y変異E484K変異L452R変異E484Q変異del247-253変異
従来型中国(武漢)
アルファ型
(B.1.1.7)
イギリス
ベータ型
(B.1.351)
南アフリカ
ガンマ型
(P.1)
ブラジル
イプシロン型
(B.1.427/B.1.429)
アメリカ
カッパ型
(B.1.617.1)
インド
デルタ型
(B.1.617.2)
インド
ラムダ型
(C.37)
ペルー

特長

判定が容易

変異型と従来型のプライマー/プローブセット使用時のCt値の比較で判定するため、判定が容易!

<判定例>

  • 測定サンプル:ベータ型(B.1.351)の変異株 (TY8-612, N501Y変異/ E484K変異, 国立感染症研究所より譲渡)
  • サンプルコピー数:5,000コピー/Well
  • サイクル数:45
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従来(非変異)型及び変異型の増幅曲線がいずれも立ち上がった場合は、Ct値を比較して変異の有無を判定する。

上の結果の場合、従来 (非変異) 型検出用の「501N Wild type Primer / Probe(青)」について、わずかに増幅シグナルが見られたが、変異型検出用の「N501Y Mutant type Primer/Probe(赤)」の方がより低いCt値で検出されたため、N501Y変異株と判断ができる。

ワンステップRT-qPCR法で迅速に変異を検出

N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253のすべてを同じ条件で、1プレートで測定可能!
約70分でPCR反応が完了!

sars_cov_2_mutation_img02.png
※CFX96 Touch リアルタイム PCR 解析を使用した場合

独自開発のプライマー・プローブで、高感度に変異を検出

N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253のすべてを高感度に検出することが可能!
各変異の測定データは、製品ページをご覧ください。

操作方法

sars_cov_2_mutation_img03.png

キットコンポーネント

N501Y E484K L452R E484Q del247-253 20反応用 Probe標識
200反応用
RT Enzyme Mix (20×) RT Enzyme Mix (20×) RT Enzyme Mix (20×) RT Enzyme Mix (20×) RT Enzyme Mix (20×) 20µL×1 -
200µL×1
One-Step Reaction Mix (2×) One-Step Reaction Mix (2×) One-Step Reaction Mix (2×) One-Step Reaction Mix (2×) One-Step Reaction Mix (2×) 200µL×1 -
1mL×2
501N Wild Type
Primer & Probe Mixture
484E Wild Type
Primer & Probe Mixture
452L Wild Type
Primer & Probe Mixture
484E Wild Type
Primer & Probe Mixture
Wild type Primer & Probe Mixture 10µL×1 FAM
100µL×1
N501Y Mutant Type
Primer & Probe Mixture
E484K Mutant Type
Primer & Probe Mixture
L452R Mutant Type
Primer & Probe Mixture
E484Q Mutant Type
Primer & Probe Mixture
del247-253 Mutant Type Primer & Probe Mixture 10µL×1 FAM
100µL×1
  • 本キットの陽性コントロールが必要な場合は当社までお問合せください。

別途必要な装置・器具・試薬

  • qPCR(Real-Time PCR) 装置
  • RNA精製キット (例 : コードNo. 310-08931,ISOSPIN Viral RNA,ニッポンジーン )
  • マイクロチューブ遠心機
  • ボルテックスミキサー
  • Nuclease フリー滅菌水 (例 : コード No. 316-90101, ニッポンジーン )
  • マイクロピペットおよび Nuclease フリーピペットチップ
  • Nuclease フリー1.5mL チューブ (DNA/RNA 低吸着品が望ましい。例:Micro tube 1.5ml DNA LowBind, Sarstedt)
  • qPCR(Real-Time PCR) プレートとプレートシール、もしくは qPCR(Real-Time PCR) チューブとキャップ
  • 氷もしくは保冷剤
[参考文献]
1) Nelson, G., Buzko, O., Spilman, P., Niazi, K., Rabizadeh, S., Soon-Shiong, P. : bioRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.13.426558
2) Jangra, S., Ye, C., Rathnasinghe, R., Stadlbauer, D., PVI study group, Krammer,F., Simon, V., Martinez-Sobrido, L., García-Sastre, A., Schotsaert, M. : medRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.26.21250543
3) Wang, Z. et al. : Nature (2021). doi:https://doi.org/10.1038/s41586-021-03324-6
4) Motozono, C. et al. : "An Emerging SARS-CoV-2 Mutant Evades Cellular Immunity and Increases Infectivity", Cell Host & Microbe, in press (2021). doi:http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.3827372

製品一覧

製品詳細は品名のリンクよりご参照ください。

製品コード品名容量保管温度希望納入価格
283-35703SARS-CoV-2 N501Y Mutation Detection Kit20反応用(10検体用)-20℃20,000
287-35701200反応用(100検体用)80,000
287-35603SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit20反応用(10検体用)-20℃20,000
281-35601200反応用(100検体用)80,000
283-36303SARS-CoV-2 L452R Mutation Detection Kit20反応用(10検体用)-20℃20,000
287-36301200反応用(100検体用)80,000
289-36403SARS-CoV-2 E484Q Mutation Detection Kit20反応用(10検体用)-20℃20,000
283-36401200反応用(100検体用)80,000
285-37103SARS-CoV-2 del247-253 Mutation Detection Kit20反応用(10検体用)-20℃20,000
289-37101200反応用(100検体用)80,000
  • 容量について:①従来株のプライマー/プローブが入ったウェル、②変異株のプライマー/プローブが入ったウェルの2ウェルで測定するため、1検体でPCR2反応が必要です。