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SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit

遺伝子研究用
for Genetic Research
製造元 :
富士フイルム和光純薬(株)
保存条件 :
冷凍 (ドライアイス輸送)
分子量 :
0
適用法令 :
優先評価物質
GHS :
  • 構造式
  • ラベル
  • 荷姿
SDS
比較
製品コード
容量
価格
在庫
販売元
287-35603
JAN
4548995087492
20反応用
希望納入価格
20,000 円
販売元
281-35601
JAN
4548995086587
200反応用
希望納入価格
80,000 円

ドキュメント

SDS
添付文書
スペクトルデータ
検査成績書
校正証明書

キットコンポーネント

20反応用

RT Enzyme Mix (20×) 20 µL x 1本
One-Step Reaction Mix (2×) 200 µL x 1本
484E Wild Type Primer & Probe Mixture (FAM標識) 10 µL x 1本
E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture (FAM標識) 10 µL x 1本

200反応用

RT Enzyme Mix (20x) 200 µL x 1本
One-Step Reaction Mix (2x) 1 mL x 2本
484E Wild Type Primer & Probe Mixture (プローブ:FAM) 100 µL x 1本
E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture (プローブ:FAM) 100 µL x 1本

概要

世界中で新型コロナウイルスの変異株が拡大しており、日本国内でも感染者数が徐々に増加しています。
新型コロナウイルスのベータ型(B.1.351)及びガンマ型(P.1)に共通の変異であるE484K変異は、免疫を回避する可能性が指摘されており、ワクチンの効果が低くなるとの報告もあります1-3)
※ ベータ型(B.1.351):南アフリカで最初に検出された変異株
  ガンマ型(P.1):ブラジルで最初に検出された変異株

当社では、独自開発したプライマーの設計技術により、通常は困難とされている遺伝子点変異の高感度検出を可能にしました。本製品は、迅速かつ簡便にE484K変異を検出するキットです。

特長

  • 判定が容易
    変異型と野生型のプライマー/プロープセット使用時のCt値の比較で判定
  • ワンステップRT-qPCR法で迅速に変異を検出
    約70分で完了
  • 独自開発のプライマー・プローブで、高感度に変異を検出
  • すべての変異株を同じ反応条件で測定可能
    N501Y、E484K、L452R、E484QすべてPCR反応条件が同じであるため、1プレートで測定可能

測定原理

TaqMan®プローブを用いたワンステップRT-qPCR (Reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction) 法を採用。
当社が独自開発したプライマーにより、点変異を高感度に検出。

ご使用の前に

ウイルスRNA量が多い場合、変異株においても従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer & Probe Mixture 」で増幅シグナルが見られることがあります。

必ず従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer&Probe Mixture 」と変異型検出用の「E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture」の両方で検出してください。

両方のCt値を比較し、変異型検出用の「E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture」のCt値が小さければ、ウイルスはE484K変異株であると判断します。

変異株の検出アプリケーションデータ

本キットで下記3点の新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) 株を検出した。

  • ガンマ型(P.1)の変異株 (TY7-501, E484K変異, N501Y変異, 国立感染症研究所より譲渡)
  • ベータ型(B.1.351)の変異株 (TY8-612, E484K変異, N501Y変異, 国立感染症研究所より譲渡)
  • アルファ型(B.1.1.7)の変異株 (QHN001, E484K変異なし, N501Y変異, 国立感染症研究所より譲渡)
  • VR-1986HK (E484K変異なし, N501Y変異なし, ATCC)

サンプルコピー数:5,000, 500, 50コピー/Well
サイクル数:45

①ガンマ型(P.1):TY7-501 (E484K変異, N501Y変異)

5,000 copies 500 copies 50 copies
ガンマ型
(E484K変異あり)
変異型, 変異あり, 5,000コピー 変異型, 変異あり, 500コピー 変異型, 変異あり, 50コピー

E484K変異を持つガンマ型(P.1)の変異株において、変異型検出用の「E484K Mutant type Primer & Probe」で増幅シグナルを確認できた。

従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer & Probe 」について、5,000コピー条件では増幅シグナルが見られたが、変異型の方がより低いCt値で検出されたため、E484K変異株と判断できた。500コピーおよび50コピー条件では従来 (非変異) 型の増幅シグナルは検出されなかった。

②ベータ型(B.1.351):TY8-612 (E484K変異, N501Y変異)

5,000 copies 500 copies 50 copies
ベータ型
(E484K変異あり)
変異型, 変異あり, 5,000コピー 変異型, 変異あり, 500コピー 変異型, 変異あり, 50コピー

E484K変異を持つベータ型(B.1.351)の変異株において、変異型検出用の「E484K Mutant type Primer / Probe」で増幅シグナルを確認できた。

従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer / Probe 」について、5,000コピー条件ではわずかに増幅シグナルが見られたが、変異型の方がより低いCt値で検出されたため、E484K変異株と判断できた。500コピーおよび50コピー条件では従来 (非変異) 型の増幅シグナルは検出されなかった。

③アルファ型(B.1.1.7):QHN001 (E484K変異なし, N501Y変異)

5,000 copies 500 copies 50 copies
アルファ型
(E484K変異あり)
変異型, 変異あり, 5,000コピー 変異型, 変異あり, 500コピー 変異型, 変異あり, 50コピー

E484K変異を持たないアルファ型(B.1.1.7)の変異株において、従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer&Probe」で増幅シグナルを確認できた。

変異型検出用の「E484K Mutant type Primer & Probe 」について、5,000コピー条件では増幅シグナルが見られたが、従来 (非変異) 型の方がより低いCt値で検出されたため、従来型の変異株と判断できた。500コピーおよび50コピー条件では変異型の増幅シグナルは検出されなかった。

④VR-1986HK (E484K変異なし, N501Y変異なし)

5,000 copies 500 copies 50 copies
変異なし 変異型, 変異あり, 5,000コピー 変異型, 変異あり, 500コピー 変異型, 変異あり, 50コピー

N501Y変異およびE484K変異を持たないVR-1986HKでは、従来 (非変異) 型検出用の「484E Wild type Primer&Probe」で増幅シグナルを確認できた。

変異型検出用の「E484K Mutant type Primer&Probe 」について、5,000コピー条件では増幅シグナルが見られたが、従来(非変異)型の方がより低いCt値で検出されたため、従来型の変異株と判断できた。500コピーおよび50コピー条件では変異型の増幅シグナルは検出されなかった。

参考文献
  1. Nelson, G., Buzko, O., Spilman, P., Niazi, K., Rabizadeh, S., Soon-Shiong, P. : bioRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.13.426558
  2. Jangra, S., Ye, C., Rathnasinghe, R., Stadlbauer, D., PVI study group, Krammer,F., Simon, V., Martinez-Sobrido, L., García-Sastre, A., Schotsaert, M. : medRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.26.21250543
  3. Wang, Z. et al. : Nature (2021). doi:10.1038/s41586-021-03324-6

PCR反応条件

従来型および変異株の遺伝子型

FAQ

製品について

新型コロナウイルス 陽性/陰性の判定は可能ですか?
本キットは陽性検体における遺伝子変異の有無を測定するため、陽性/陰性の判定はできません。 陽性/陰性の判定にはSARS-CoV-2 RT-qPCR Detection Kit Ver.2 (コードNo. 285-33801. 保険適用品)をご使用ください。簡易RNA抽出試薬であるSARS-CoV-2 Lysis Buffer Ver.2との併用も可能です。
ダイレクトPCR法のような簡易抽出RNAサンプルでも測定は可能ですか?
簡易抽出したRNAでは本キットでの測定はできません。RNA抽出・精製キットなどを用いて生成したRNAを使用してください。 ・スピンカラムタイプ:ISOSPIN Viral RNA (コードNo. 310-08931, ニッポンジーン) ・自動核酸抽出装置:QuickGene-Auto 12S/24S (倉敷紡績, QuickGene AutoS RNA Virus Kitも必要)
保険適用品ですか?
保険適用品ではありません。今のところ変異の検査は疫学調査が目的となっています。
キットの容量 「200反応用」とはどういう意味ですか?
リアルタイムPCRが200ウェル分行えるという意味です。 以下の通り、1検体につき2ウェル必要となりますので、100検体分と言えます。 ① 従来株のプライマー/プローブが入ったウェル ② 変異株のプライマー/プローブが入ったウェル
ウイルスのポジティブコントロールRNAはキットに入っていますか?
キットに陽性コントロールは附属していません。必要なお客様は弊社までお問合せください。
野生型、変異型両方の増幅曲線が立ち上がった場合、どのように判定すればよいですか。
ウイルスの量が多い場合、変異株のサンプルにも関わらず野生株のプライマー・プローブでも増幅シグナルが見られる場合があります。ただしそのような場合でも変異株の増幅シグナルの方が早く立ち上がります(Ct値が小さい)。必ず変異株用と従来株用のプライマー・プローブ両方で測定を行い、Ct値の違いを確認してください。
富士フイルム和光純薬から購入できるリアルタイムPCR装置ありますか?
Biomolucular systems社のMicを販売しています。
E484K単独変異は存在しますか?
N501Y変異を持たず、E484K変異を有するE484K単独変異株はR.1系統として確認されています。ただ現時点で情報は少なく、国立感染症研究所は懸念される変異株 (VOC)ではなく、注目すべき変異株 (VOI)としています。

物性情報

製造元情報

別名一覧

  • 掲載内容は本記事掲載時点の情報です。仕様変更などにより製品内容と実際のイメージが異なる場合があります。
  • 製品規格・包装規格の改訂が行われた場合、画像と実際の製品の仕様が異なる場合があります。
  • 掲載されている試薬は、試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。
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