Lysyl Endopeptidase®, 질량 분석용 등급 (Lys-C)
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프로테옴 분석에서 가장 중요한 기술 중 하나는 전기영동으로 분리된 단백질 스팟/밴드를 트립신 및 리실 엔도펩티다제®와 같은 분해 효소를 사용하여 겔 내에서 분해하는 것입니다. 겔 내 분해로 생성된 펩타이드에 대한 질량 분석법을 통해 단백질을 동정할 수 있으며, 번역 후 변형에 관한 추가 정보도 얻을 수 있습니다.
Lysyl Endopeptidase®, 질량 분석용 등급(Lys-C)은 겔 내 분해에 충분한 활성을 유지한 동결 건조 제품으로, 사용 편의성을 위해 소량으로 포장되어 있습니다.
주요 기능
- 단백질 분해의 높은 특이성과 효율성 덕분에 펩타이드 질량을 기반으로 한 데이터베이스 검색이 용이합니다.
- 트립신과 병용하면 라이신 잔기에서의 절단 효율이 향상되고 펩타이드의 수가 증가합니다.
- 젤 내 분해에 충분한 활성을 유지할 수 있도록 사용량에 맞춰 극소량으로 포장되어 있습니다.
응용 프로그램 데이터
신(Tp),Lysyl Endopeptidase®(Lep) 및 Tp와 Lep의 병용(Lep + Tp)을 이용한 겔 내 분해 비교
SDS-PAGE로 분리된 BSA 밴드(100ng)를 Tp, Lep 및 Lep + Tp로 겔 내 분해한 후 MALDI-TOFMS로 분석하였다. 그림은 각 펩티다제의 개별 질량 스펙트럼을 보여준다. 이 펩티다제들에 대한 평가 결과는 표에 요약되어 있다.
표: 트립신(Tp), Lysyl Endopeptidase®(Lep) 및 Lep + Tp의 비교
| Tp | Lep | Tp + Lep | |
|---|---|---|---|
| Cleavage site | C terminal of Arg + Lys | C terminal of Lys | C terminal of Arg + Lys |
| Missed cleavage (Rates of missed cleavage)※ | Many (8%) | Very few (0%) | Few (3%) |
| No. of identified peptides | 17 | 19 | 22 |
Data provided by: Wada, Y., Osaka Women’s and Children’s Hospital
이 결과는 Lep 분해 시 누락된 절단 부위가 거의 없음을 나타냅니다. Tp를 Lep과 함께 사용하면, Tp만 사용했을 때와 비교하여 누락된 절단 부위가 줄어들고 확인된 펩타이드의 수가 증가합니다.
*이 값은 '미절단(Missed cleavage)'을 0으로 설정하여 데이터베이스 검색을 수행했을 때 얻은 커버리지에서, '미절단'을 1로 설정하여 수행했을 때 얻은 커버리지를 뺀 값이다. “커버리지”는 전체 서열에서 젤 내 소화 후 얻어진 펩타이드의 비율을 의미한다.
질량 스펙트럼: 트립신(Tp), Lysyl Endopeptidase® (Lep) + Tp의 비교
Data provided by: Wada, Y., Osaka Women’s and Children’s Hospital
참고 문헌
- Wada, Y. and Kadoya, M.: J. Mass Spectrom., 38, 117(2003).
- Shevchenko, A., Wilm, M., Vorm, O. and Mann., M.: Anal. Chem., 68, 850(1996).
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트립신, 질량 분석용 등급
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